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蛋白质组学 WGCNA 21009 查看 加权基因共表达网络(WGCNA, Weighted Gene Co-Expression Network Analysis)，是一种从高通量的表达数据中挖掘模块(module)信息的算法，在该方法中module被定义为一组具有类似表达谱的基因，并探索module内基因网络与研究者关注的表型之间的关联关系。 蛋白代谢差异表达聚类热图 14144 查看 热图（英语：heat map/heatmap）在二维空间中以颜色的形式显示一个现象的绝对量，是一种数据可视化技术。 为了更直观的展示样本之间的关系及代谢物或者蛋白在不同样本之间的表达差异，对所有显著差异蛋白或者代谢物和按照VIP排序前50的显著差异蛋白或代谢物的表达量分别进行层次聚类 多元统计分析 12535 查看 多元变量统计分析（Multivariate Statistical Analysis），简称多元变量分析，又称多元统计分析，为统计学的一支，常用于管理科学、社会科学和生命科学等领域。 多元统计分析将先采用无监督的主成分分析（PCA）来观察各样本之间的总体分布和整个分析过程的稳定性，然后用有监督的偏最小二乘法分析（PLS-DA）及正交偏最小二乘法分析（OPLS-DA）来区分各组间特征轮廓的总体差异，找到组间的特征差异物质。 蛋白代谢功能富集分析-2023版 10748 查看 该工具针对于蛋白和代谢差异数据进行的功能富集分析，包括GO、KEGG、Reactome、InterPro、PPI_network和Wikipathways。 蛋白代谢火山图 8840 查看 火山图（Volcano plot）是散点图的一种，它将统计测试中的统计显著性量度（如p-value）和变化幅度（如Fold change）相结合，从而能够帮助快速直观地识别那些变化幅度较大且具有统计学意义的数据点（代谢物等）。其中红色原点代表在实验组中显著上调的差异代谢产物/差异蛋白，蓝色原点代表显著下调的差异代谢产物/差异蛋白，灰色点代表不显著的差异代谢产物/差异蛋白。 蛋白项目分析-2023版 5242 查看 根据蛋白表达量和分组信息文件，对筛选得到的差异蛋白进行GO分析、Pathway分析、互作分析三部分，同时针对差异比较组数据做火山图，表达模式聚类热图，venn分析等。此外，依据数据情况，研究相关性或者感兴趣部分，选择重点蛋白及其功能或者通路，进行后续重点研究及验证方向。 蛋白代谢箱线图 3317 查看 箱形图（boxplot），又称为盒须图、盒式图、盒状图或箱线图，是一种用作显示一组数据分散情况资料的统计图。因图形如箱子，且在上下四分位数之外常有线条像胡须延伸出去而得名。 本工具使用pairwise.t.test 方法，显示每一个蛋白或代谢物质在组间的显著性差异。适用于组别为2组及以上，组内有生物学重复的数据集。 蛋白代谢Venn图 3144 查看 Venn图：分析展示两组或两组以上差异比较组的共有和特有差异代谢物。 蛋白代谢富集气泡图 2936 查看 气泡图（bubble chart）是可用于展示三个变量之间的关系。 蛋白代谢气泡图可使用GO、KEGG、InterPro、Reactome和WikiPathway富集数据，用于展示Enrichment Score（富集分值），Count（通路包含的差异蛋白/差异代谢物数目），富集pvalue值。 蛋白互作关系网络（PPI） 2668 查看 蛋白质相互作用网络（protein protein interaction network，PPI network） 本工具为绘制蛋白互作网络图，以目标蛋白列表及该物种所有蛋白间可能存在的两两互作关系为输入文件，通过网络的形式直观展示一组蛋白中连接度较高的蛋白之间的相互作用关系。若带有表达量变化信息，还可以不同颜色区分上下调信息。 蛋白代谢富集柱状图 2547 查看 条形图（bar chart/bar graph），又称为长条图、 柱状图、棒形图 富集柱状图：显示根据P-value 排序后最小的20个条目绘制 蛋白代谢ROC曲线 2096 查看 在信号检测理论中，接收者操作特征曲线，或者叫ROC曲线（Receiver operating characteristic curve，简称ROC曲线），是一种坐标图式的分析工具，用于选择最佳的信号侦测模型、舍弃次佳的模型或者在同一模型中设置最佳阈值。
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