火山图

开发者:fmt, czq, ljw  |  更新于1 周前  |  浏览量 2485

火山图(Volcano Plot)是一类用来展示组间差异数据的图像,可以方便直观的展示两组样本间差异表达基因/蛋白/代谢物的分布情况。

默认情况:
1. 当输入标记名称列表文件时可展示相应名称,如genesymbol,限定标注30个以内名称;当大于30个名称时则以紫色点标注。
2. 当输入文件中 log2FoldChange 为空值时,将自动以最小值进行替换,请谨慎修改文件数据。

参数信息
  1. 差异未筛选文件,请参考示例文件

查看更多非必选参数

  1. P-Value值是指在一个概率模型中, 统计摘要(如两组样本均值差)与实际观测数据相同, 或甚至更大这一事件发生的概率。 换言之, 是检验假设零假设成立或表现更严重的可能性。p值若与选定显著性水平(0.05或0.01)相比更小, 则零假设会被否定而不可接受。
  2. FC(Fold Change)是计算基因/蛋白/代谢物在两类样本中平均表达水平的倍数值, 若该值达到预先设定的阈值(一般设置为2, 在以2为底的对数表达比中为大于1或小于-1), 则判定基因/蛋白/代谢物为差异表达。
  3. 代谢组数据过滤条件,默认为0,不进行VIP筛选及可视化,可修改
  4. 标记名称列表
  5. 芯片差异基因文件,需包含列名 "ProbeID",用于过滤低质量探针。
    字体类型,默认"Arial"
    字体样式,默认"无"
相关数据
  • 使用说明
  • 结果说明
  • 版本说明
  • 1. 差异表达未筛选文件(必选):

        示例文件为基因表达量差异未筛选文件,第一列为 Names (基因/探针名称),第二列是 log2FoldChange ,第三列为 pValue ;代谢组数据第四列可添加 VIP

        输入文件格式支持xlsx、csv、txtxls,文件名不允许有空格和特殊字符,外来数据请先调整数据格式。

    【测序数据整理格式】

    voclcano.png

        示例差异表达未筛选文件下载:sequencing_volcano.xls



    【芯片组数据整理格式】

    arrayall.png

        示例芯片差异表达未筛选文件下载array_volcano_all_data.xls


    【代谢/蛋白组数据整理格式】

    metadata.png

        示例差异表达未筛选文件下载:metabolite_volcano.xls



    2. 芯片组差异文件(对芯片数据绘图时必选):

        示例文件为芯片差异结果列表,需包含列名 "ProbeID"。

    arraydeg.png

        示例芯片差异结果文件下载:array_volcano_deg_data.xls



    3. 标记名称列表文件(可选):

        示例文件为标记名称列表,需包含列名 "IDs"。

    genelist.png

        示例标记名称列表文件下载:genelist_one.xls



    genelist2.png

        示例芯片标记名称列表文件下载:genelist_two.xls





  • 1. 输出图片

        示例图片中每一个点代表一个基因。横纵坐标分别表示实验组(Case)和对照组(Control)生物学重复差异倍数FC值的对数值。根据基因表达差异倍数FC值的筛选,红色表示显著上调基因,绿色表示显著下调基因,灰色表示差异不显著。

    volcano.png

        示例图片为标注名称,以黑色点展示。

    volcano-withgene.png

  • 版本
    更新日期更新内容
    v1.82020.09.18整合多平台火山图工具
    v2.1.22020.11.04修改默认输出图片格式;添加标注特征是否存在相关判断,删除未知特征并输出warning文件
    v2.1.42020.12.11

    添加字体参数, 判断编码方式, 修改log2FC数据类型报错的bug

    v2.1.5
    2020.12.26
    判断编码方式优化, 空数据矩阵检查, 添加展示基因数目参数默认为30