火山图

文献引用:Bioinformatic analysis was performed using the OECloud tools at https://cloud.oebiotech.cn. -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 火山图(Volcano Plot)是一类用来展示组间差异数据的图像,可以方便直观的展示两组样本间差异表达基因/蛋白/代谢物的分布情况。

参数调整

差异未筛选文件,请参考示例文件。如转录组项目报告中"A-vs-B-all.gene.xls"文件
显著性阈值如 p-value是指在一个概率模型中,统计摘要(如两组样本均值差)与实际观测数据相同,或甚至更大这一事件发生的概率,p-value值若与选定显著性水平(0.05或0.01)相比更小,则零假设会被否定而不可接受
注意:输入的数值需为非负数。FC(Fold Change)是计算基因/蛋白/代谢物在两类样本中平均表达水平的倍数值, 若该值达到预先设定的阈值(一般设置为2, 在以2为底的对数表达比中为大于1或小于-1), 则判定基因/蛋白/代谢物为差异表达。
代谢组数据过滤条件,默认为0,不进行VIP筛选及可视化,可修改
标记名称列表。注意基因名称大小写,必须与all gene表格一致。
芯片差异基因文件,需包含列名 "Names",用于过滤低质量探针。
标记名称列表(芯片),请参考示例文件
字体类型,默认"Arial"
字体样式,默认"无"
点大小,取值范围在0-3之间
标记点透明度,默认为1。取值范围在0-1之间。
非标记点透明度,默认为1。取值范围在0-1之间。
x轴坐标最小取值,默认自适应。
x轴坐标最大取值,默认自适应。
轴坐标最大取值,默认自适应。
参考线粗细,默认为0.2
标记名称字体大小,默认为1.8
标记名称垂直位置调整,默认为0不调整。
标记名称水平位置调整,默认为0不调整。
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结果与说明

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程序运行出错,报错信息如下:

请检查数据文件格式后重新提交运行

结果下载

本次分析未能正常生成结果文件,请核对输入信息或者参考使用说明进行使用!

  1. 1. 差异表达未筛选文件

    示例文件为基因表达量差异未筛选文件,第一列:Names(基因/探针名称),第二列:log2FoldChange,第三列:p-value ;代谢组数据第四列可添加 VIP

【测序数据整理格式】

测序数据整理格式.png


    demo数据下载sequencing_volcano.xls





【芯片组数据整理格式】

芯片组数据整理格式.png


    demo数据下载array_volcano_all_data.xls(从芯片项目报告中"差异未筛选.csv"文件提取)



【代谢/蛋白组数据整理格式】

代谢蛋白组数据整理格式.png


    demo数据下载metabolite_volcano.xls





  1. 2. 文本框输入标记基因(可选)

    需包含列名 "IDs"。

genelist.png


    demo数据下载genelist_one.xls


  1. 3. 芯片组差异文件(对芯片数据绘图时必选)和标记基因列表

    示例文件为芯片差异结果列表,需包含列名 "Names"。(从芯片项目报告中"comp*_*_vs._*_FC2P0.05.csv"文件提取)


【芯片组差异文件格式】

deg_prob.png


    demo数据下载:array_volcano_deg_data.xls


    示例文件为芯片标记基因列表,需包含列名 "IDs"。


【芯片组标记基因列表格式】

prob_genelist.png


    demo数据下载:genelist_two.xls



  1. 1. 输出图片

    示例图片中每一个点代表一个基因。横纵坐标分别表示实验组(Case)和对照组(Control)生物学重复差异倍数FC值的对数值。根据基因表达差异倍数FC值的筛选,红色表示显著上调基因,绿色表示显著下调基因,灰色表示差异不显著。

volcano.png


    示例图片为标注名称。

volcano_ids.png

  1. (1) 尽量新建全新的excel文件进行数据筛选,不在源文件操作;

  2. (2) 标注特征默认为100个以内;当大于100个特征时不标注;

  3. (3) 当输入文件数据中 log2FoldChange 为空值时,将自动以最小值进行替换,请谨慎修改文件数据;

版本
更新日期更新内容
v1.82020.09.18整合多平台火山图工具
v2.1.22020.11.04修改默认输出图片格式;添加标注特征是否存在相关判断,删除未知特征并输出warning文件
v2.1.42020.12.11

添加字体参数, 判断编码方式, 修改log2FC数据类型报错的bug

v2.1.5
2020.12.26
判断编码方式优化, 空数据矩阵检查, 添加展示基因数目参数默认为30
v2.3.02021.01.22报错日志oeweb_task.log;修改数据检查逻辑
v2.4.02021.02.01增加点大小参数
V1.012021.03.07重构
V1.032021.06.20

调整输入数据表头,修改图形样

V1.052021.11.15添加显著性筛选阈值参数, 修改日期型基因的匹配模式,修改点色系
V1.062022.01.29添加控制x,y轴坐标范围,点透明度,标记基因名称字体大小和位置,参考线粗细等参数。修改控制点大小的逻辑。选择非png格式时,默认生成png。


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