文献引用:Bioinformatic analysis was performed using the OECloud tools at https://cloud.oebiotech.com.
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火山图(Volcano Plot)是一类用来展示组间差异数据的图像,可以方便直观的展示两组样本间差异表达基因/蛋白/代谢物的分布情况。
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程序运行出错,报错信息如下:
玩转攻略可点击公众号推文:欧易探云指南 | 火山图
1. 差异表达未筛选文件
示例文件为基因表达量差异未筛选文件,第一列:Names(基因/探针名称),第二列:log2FoldChange,第三列:p-value ;代谢组数据第四列可添加 VIP (注意列名的字母大写)。
【测序数据整理格式】
demo数据下载:sequencing_volcano.xls
【芯片组数据整理格式】
demo数据下载:array_volcano_all_data.xls(从芯片项目报告中"差异未筛选.csv"文件提取)
【代谢/蛋白组数据整理格式】
demo数据下载:metabolite_volcano.xls
2. 文本框输入标记基因(可选)
需包含列名 "IDs"。
demo数据下载:genelist_one.xls
3. 芯片组差异文件(对芯片数据绘图时必选)和标记基因列表
示例文件为芯片差异结果列表,需包含列名 "Names"。(从芯片项目报告中"comp*_*_vs._*_FC2P0.05.csv"文件提取)
【芯片组差异文件格式】
demo数据下载:array_volcano_deg_data.xls
示例文件为芯片标记基因列表,需包含列名 "IDs"。
【芯片组标记基因列表格式】
demo数据下载:genelist_two.xls
1. 输出图片
示例图片中每一个点代表一个基因。横纵坐标分别表示实验组(Case)和对照组(Control)生物学重复差异倍数FC值的对数值。根据基因表达差异倍数FC值的筛选,粉色表示上调基因,红色表示显著上调基因,浅蓝色表示显著基因,深蓝色表示显著下调基因,灰色表示差异不显著。
示例图片为标注名称。
(1) 尽量新建全新的excel文件进行数据筛选,不在源文件操作;
(2) 标注特征默认为100个以内;当大于100个特征时不标注;
(3) 当输入文件数据中 log2FoldChange 为空值时,将自动以最小值进行替换,请谨慎修改文件数据;
版本 | 更新日期 | 更新内容 |
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v1.8 | 2020.09.18 | 整合多平台火山图工具 |
v2.1.2 | 2020.11.04 | 修改默认输出图片格式;添加标注特征是否存在相关判断,删除未知特征并输出warning文件 |
v2.1.4 | 2020.12.11 | 添加字体参数, 判断编码方式, 修改log2FC数据类型报错的bug |
v2.1.5 | 2020.12.26 | 判断编码方式优化, 空数据矩阵检查, 添加展示基因数目参数默认为30 |
v2.3.0 | 2021.01.22 | 报错日志oeweb_task.log;修改数据检查逻辑 |
v2.4.0 | 2021.02.01 | 增加点大小参数 |
V1.01 | 2021.03.07 | 重构 |
V1.03 | 2021.06.20 | 调整输入数据表头,修改图形样式 |
V1.05 | 2021.11.15 | 添加显著性筛选阈值参数, 修改日期型基因的匹配模式,修改点色系 |
V1.06 | 2022.01.29 | 添加控制x,y轴坐标范围,点透明度,标记基因名称字体大小和位置,参考线粗细等参数。修改控制点大小的逻辑。选择非png格式时,默认生成png。 |
V1.28 | 2022.08.29 | 优化图片配色,添加突出标记基因的配色方案;添加筛选基因数量的标签;适配线下报告输入文件。 |
V1.33 | 2022.09.26 | 优化判断语句,适配不区分大小写的标记基因名。 |
V1.35 | 2022.10.11 | 报错优化,添加自定义标题字段功能。 |
V1.41 | 2022.11.11 | 释放top基因标记参数。 |
V1.47 | 2022.12.05 | 释放筛选后数量的文字展示 |
V1.53 | 2023.01.09 | 文字标注问题修复。P值为0,使用最小值填充 |
V1.57 | 2023.02.29 | 火山图log2FC非整数时角标文字字符串长短调整 |
V1.60 | 2023.04.04 | 添加角标VIP数值筛选条件 |
V1.61 | 2023.05.04 | 标记基因在表达量表中未找到的情况 |
V1.67 | 2023.05.10 | 反馈问题,字符型判断,NaN判断 |