组内合并Venn

开发者：王月丽  |  更新于2 周，6 日前  |  浏览量 395

文献引用：Bioinformatic analysis was performed using the OECloud tools at https://cloud.oebiotech.cn.
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本工具为绘制Venn图。Venn图是一种用于直观表示元素集合重叠的一种图形，在生物信息学领域常用于展示样品不同分组间共有和特有的物种，OTU，基因，分类单元等。

参数信息
  1. 丰度文件，第一列为元素 id，例如OTU id，其余各列为各样本中相应丰度。作图数据例如微生物多样性报告result\2.OTUs\OTUs_stat\OTUs.xls，宏基因组报告result\3.Genecatalogue\3.3.Abundance_analysis\relative.abundance.xls
  2. 样本分组信息文件，第一列为样本分析名，与丰度文件中的样本分析名一致，第二列为分组名，需要的剔除的样本不需要填写分组名。
相关数据
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  • 版本信息

    1. 1. 丰度文件

        表格第一列信息作为该表格的元素的集合，且不可重复（如OTU id，门水平物种，纲水平物种，目水平物种，科水平物种，属水平物种，种水平物种，探针，转录本，基因名称，名称需提前去重，重复会导致运行错误）

        如下例表第一列为OTU id，其余各列为各样本中相应OTU丰度。


    OTUs.png


        demo数据下载：OTUs.xls


    1. 2. 样本分组信息文件

        第一列为样本分析名，与丰度文件中的样本分析名一致，第二列为分组名，需要剔除的样本不需要填写分组名。


    mapping.png


        demo数据下载：mapping.xls



    1. 1. 组内合并Venn图

        三种颜色线构成的圈中数字1141代表A，B和C三组共有的元素个数；蓝色和绿色线构成的圈中数字187代表A和B共有的元素个数；42代表A组特有的元素个数。


    venn.png


    1. (1) 本工具用于组内生物学重复合并做Venn分析，适用于组别为5组及以下数据集；


    3. (2) 可以选择剔除部分样本，合并后的数据集名为原来的组名，合并算法为组内取平均；


  • 版本
    		更新日期更新内容
    v1.1
    		2020.10.25
    		更新说明文档
    v2.32021.03.23更新使用基础micro_tools:v2.2构建，同时支持多种输入格式xlsx,txt,xls,csv