组内合并Venn

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开发者:ly  |  更新于2 月,3 周前  |  浏览量 738

文献引用:Bioinformatic analysis was performed using the OECloud tools at https://cloud.oebiotech.cn.
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本工具为绘制Venn图。Venn图是一种用于直观表示元素集合重叠的一种图形,在生物信息学领域常用于展示样品不同分组间共有和特有的物种,OTU,基因,分类单元等。

参数信息
  1. 丰度文件,第一列为元素 id,例如OTU id,其余各列为各样本中相应丰度。作图数据例如微生物多样性报告result\2.OTUs\OTUs_stat\OTUs.xls,宏基因组报告result\3.Genecatalogue\3.3.Abundance_analysis\relative.abundance.xls
  2. 样本分组信息文件,第一列为样本分析名,与丰度文件中的样本分析名一致,第二列为分组名,需要的剔除的样本不需要填写分组名。
相关数据
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  • 版本信息
    1. 1. 丰度文件

        表格第一列信息作为该表格的元素的集合,且不可重复(如OTU id,门水平物种,纲水平物种,目水平物种,科水平物种,属水平物种,种水平物种,探针,转录本,基因名称,名称需提前去重,重复会导致运行错误)

        如下例表第一列为OTU id,其余各列为各样本中相应OTU丰度。


    OTUs.png


        demo数据下载OTUs.xls


    1. 2. 样本分组信息文件

        第一列为样本分析名,与丰度文件中的样本分析名一致,第二列为分组名,需要剔除的样本不需要填写分组名。


    mapping.png


        demo数据下载


    mapping.xls





    1. 1. 组内合并Venn图

        三种颜色线构成的圈中数字1141代表A,B和C三组共有的元素个数;蓝色和绿色线构成的圈中数字187代表A和B共有的元素个数;42代表A组特有的元素个数。


    venn.png


    1. (1) 本工具用于组内生物学重复合并做Venn分析,适用于组别为5组及以下数据集;


    2. (2) 可以选择剔除部分样本,合并后的数据集名为原来的组名,合并算法为组内取平均


  • 版本
    更新日期更新内容
    v1.1
    2020.10.25
    更新说明文档
    v2.32021.03.23更新使用基础micro_tools:v2.2构建,同时支持多种输入格式xlsx,txt,xls,csv






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