文献引用:Bioinformatic analysis was performed using the OECloud tools at https://cloud.oebiotech.cn.
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转录&代谢组学分析通过将转录组数据与代谢数据进行综合了考量,旨在找出关键性Biomarker,提示样本间关系,揭示内在的生物学意义。
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程序运行出错,报错信息如下:
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1、转录组学报告
输入参数转录组报告文件,为压缩格式,支持.zip格式结尾。压缩目录中必须包含以下目录层级及文件名称(与欧易转录组报告文件目录层级一致),对应的分组1和分组2都必须与分组表中的相同。
转录组-文件夹(/***客户文件夹/**项目id_客户名称_有参转录组报告) | 文件描述信息 |
1.2.genome_mapping/genome_mapping_stat.xls | 样本比对统计信息表 |
1.3.gene_expression/counts_anno.xls | 基因counts数统计注释表 |
1.3.gene_expression/FPKM_anno.xls | 基因FPKM统计注释表 |
1.3.gene_expression/gene_stat.xls | 样本基因数统计表 |
1.3.gene_expression/report.FPKM.xls | 样本FPKM值统计表 |
1.4.different_expressed_gene/{分组1vs分组2}/{分组1vs分组2}-all.gene.xls | 分组1和分组2的差异基因结果表 |
1.4.different_expressed_gene/{分组1vs分组2}/{分组1vs分组2}-diff-q-val-0.05-FC-2.gene.xls | qvalue小于0.05的gene列表 |
1.5.function_of_different_expressed_gene/2.KEGG_enrichment/{分组1vs分组2}/enrichment-kegg-{分组1vs分组2}-Total.xls | kegg富集分析总表 |
1.5.function_of_different_expressed_gene/3.KEGG_map/{分组1vs分组2}/*.png | kegg通路png文件 |
OECloud_tools/anno-kegg.backgroud.xls | kegg背景注释文件 |
OECloud_tools/kegg.backgroud.xls | kegg背景文件 |
OECloud_tools/go.backgroud.xls | go背景文件 |
OECloud_tools/annotation.xls | 基因注释文件 |
OECloud_tools/html_png | 通路html和png文件 |
demo示例文件:test_transmet.zip
2、代谢组学报告
输入参数代谢报告文件,为压缩格式,支持.zip格式结尾。压缩目录中必须包含以下目录层级及文件(与欧易代谢组报告文件目录层级一致),对应的分组1和分组2都必须与分组表中的相同。
代谢组-文件夹(***欧易代谢组学结果文件夹) | 文件描述信息 |
3.数据矩阵/数据矩阵.xlsx | 代谢矩阵 |
6.差异代谢物/差异代谢物.xlsx | 差异代谢物表 |
8.代谢通路分析/{分组1vs分组2}/ID.xlsx | 代谢物名称 |
8.代谢通路分析/{分组1vs分组2}/代谢通路富集表.xlsx | 代谢物通路富集结果表 |
demo示例文件:test_micromet.zip
3、分组表情况
分组表有两个sheet表,分别为“组学分析表”,“分组分析表”,表头和sheet表名称固定,否则报错。
(1)组学分析表
如下图示例展示,
第一列为转录样本,第二列为代谢物样本,第三列为通用样本名称,转录和代谢物样本一一对应。第四列为转录样本对应的分组名称,第五列为代谢物样本对应的分组名称,第六列为转录和代谢物样本的分组统一名称,请一一对应。
注意:这里选择的样本必须与上传的转录和代谢物的表格中的一致,并且转录和代谢物的样本对应关系应是一致的,统一的样本名称和分组名称可以自由命名,一般是字母+数字即可。
omics1sample | omics2sample | label | omics1group | omics2group | groupname |
GZT5-1 | GZT5 | GZT5 | GZT5 | GZT5 | GZT5 |
GZT5-2 | GZT5 | GZT5 | GZT5 | GZT5 | GZT5 |
GZT5-3 | GZT5 | GZT5 | GZT5 | GZT5 | GZT5 |
GZT5-4 | GZT5 | GZT5 | GZT5 | GZT5 | GZT5 |
GZT5-5 | GZT5 | GZT5 | GZT5 | GZT5 | GZT5 |
GZT5-6 | GZT5 | GZT5 | GZT5 | GZT5 | GZT5 |
GZY11-1 | GZY11 | GZY11 | GZY11 | GZY11 | GZY11 |
GZY11-2 | GZY11 | GZY11 | GZY11 | GZY11 | GZY11 |
GZY11-3 | GZY11 | GZY11 | GZY11 | GZY11 | GZY11 |
GZY11-4 | GZY11 | GZY11 | GZY11 | GZY11 | GZY11 |
GZY11-5 | GZY11 | GZY11 | GZY11 | GZY11 | GZY11 |
GZY11-6 | GZY11 | GZY11 | GZY11 | GZY11 | GZY11 |
(2)分组分析表
如下图示例展示,第一列为分组1,第二列为分组2,表示两两分组的比较。注意这里的分组报告要与转录和代谢中的分组名称相同,否则会报错。
分组1 | 分组2 |
GZT5 | GZY11 |
GZT5 | Huanghy |
GZT5 | Huangjz |
GZT5 | Zhuf |
GZT5 | Zih |
demo示例文件:group.xlsx
1、分析流程图
一、结果说明
最终结果会包含所有分组的两两比较结果,包含4部分:
第一层级 | 第二层级 | 第三层级 | 表示含义 |
1.多组学维度评估样本分组 | -- | -- | 所有样本降维分析结果 |
2.重要性变量分析-biomarker筛选 | -- | -- | 所有有样本筛选biomarker结果 |
3.功能分析 | 分组1_分组2 | 1.correlation | 当前分组相关性分析结果 |
2.pathway | 当前分组通路分析结果 | ||
3.kgml | 当前分组kgml分析结果 | ||
report_分组1_分组2.html | -- | -- | 当前分组报告结果文件 |