物种累计柱状图

开发者:王月丽  |  更新于2 周,6 日前  |  浏览量 1801

文献引用:Bioinformatic analysis was performed using the OECloud tools at https://cloud.oebiotech.cn.
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本工具为绘制累计柱状图,柱状图是一种以矩形的长度(高度)为变量的统计图表,只包含一个变量,从形式上又可以划分为累计柱状图和躲避式柱状图等不同类型。

我们以物种在样本中所占的比例作为变量,横坐标为样本,以累计柱状图的方式展现每个样本中各物种的比例。如果提供了样本分组信息,还可以通过组内求平均的方式展现每个分组的物种比例。

参数信息
  1. 样本物种相对丰度文件,列为样本名,行为物种名,值为相对丰度。作图文件例如微生物多样性报告result\3.Community_Structure\abundance\relative_abundance\*.xls,宏基因组报告result\4.Taxonomy\4.3.barplot\*.xls

查看更多非必选参数

  1. 样本分组信息文件,第一列为样本分析名,与样本物种相对丰度文件中的样本分析名一致,第二列为分组名
    最终的柱状图所展示的形式,有不分组(展示所有样本)和分组两种形式(选择分组,请在非必选参数中上传分组信息文件)
    取丰度前多少进行展示,可选10、20、30,默认前10,其余归为Others
    是否对展示数据进行归一化处理,默认不进行归一化处理
    字体类型,默认“Arial”
    字体样式,默认"无"
相关数据
  • 使用说明
  • 结果说明
  • 版本信息
    1. 1. 物种相对丰度文件

        第一列为物种名,随后为样本分析名,各列对应值为物种在样本中的相对丰度(支持txt、xls、xlsx格式)


    Top15_genus.png


        demo数据下载others_Top15_genus.xls


    1. 2. 样本分组信息文件(非必须)

        第一列为样本分析名,第二列为样本的分组名称。如果需要进行样本分组分析,则需要填此参数;如果无需进行样本分组分析,则无需填此参数(支持txt、xls、xlsx格式)


    mapping.png


        demo数据下载mapping.xls



    1. 1. 结果示意图

        该图展示了不分组情况下所有样本内的物种比例情况。横坐标为样本分析名,纵坐标为不同物种在样本中所占的比例。不同物种用不同颜色区分,右侧为物种的注释信息。

    others_Top15_genus_allsamples_barplot.png



  • 版本
    更新日期更新内容
    v1.1
    2020.10.25
    更新说明文档
    v2.7
    2021.04.23
    删除Rplots.pdf
    v2.8
    2021.05.12
    修改纵坐标刻度