物种累计柱状图

文献引用:Bioinformatic analysis was performed using the OECloud tools at https://cloud.oebiotech.cn. -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 本工具为绘制累计柱状图,柱状图是一种以矩形的长度(高度)为变量的统计图表,只包含一个变量,从形式上又可以划分为累计柱状图和躲避式柱状图等不同类型。 我们以物种在样本中所占的比例作为变量,横坐标为样本,以累计柱状图的方式展现每个样本中各物种的比例。如果提供了样本分组信息,还可以通过组内求平均的方式展现每个分组的物种比例。

参数调整

样本物种相对丰度文件,列为样本名,行为物种名,值为相对丰度。作图文件例如微生物多样性报告result\3.Community_Structure\abundance\relative_abundance\*.xls,宏基因组报告result\4.Taxonomy\4.3.barplot\*.xls
以组别展示时,需要导入此文件。样本分组信息文件,第一列为样本分析名,与样本物种相对丰度文件中的样本分析名一致,第二列为分组名
取丰度前多少进行展示,可选10、20、30,默认前10,其余归为Others
是否对展示数据进行归一化处理,默认不进行归一化处理
字体类型,默认“Arial”
字体样式,默认"无"
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结果与说明

工具预估运行时间为 {{ run_time }}

程序运行出错,报错信息如下:

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结果下载

本次分析未能正常生成结果文件,请核对输入信息或者参考使用说明进行使用!

  1. 1. 物种相对丰度文件

    第一列为物种名,随后为样本分析名,各列对应值为物种在样本中的相对丰度(支持txt、xls、xlsx格式)


Top15_genus.png


    demo数据下载others_Top15_genus.xls


  1. 2. 样本分组信息文件(非必须,需要以组别展示时需要此文件,否则以样本展示)

    第一列为样本分析名,第二列为样本的分组名称。如果需要进行样本分组分析,则需要填此参数;如果无需进行样本分组分析,则无需填此参数(支持txt、xls、xlsx格式)


分组.png


    demo数据下载mapping.xls





  1. 1. 结果示意图

    该图展示了不分组情况下所有样本内的物种比例情况。横坐标为样本分析名,纵坐标为不同物种在样本中所占的比例。不同物种用不同颜色区分,右侧为物种的注释信息。

others_Top15_genus_allsamples_barplot.png



版本
更新日期更新内容
v1.1
2020.10.25
更新说明文档
v2.7
2021.04.23
删除Rplots.pdf
v2.8
2021.05.12
修改纵坐标刻度
v3.6
2021.06.29
debug 下标出界问题,check mapping.txt 与输入文件样本分析名的一致性,去除type参数
v4.02022.3.2增加坐标轴字体大小调整






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