文献引用:Bioinformatic analysis was performed using the OECloud tools at https://cloud.oebiotech.com.
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本工具关联STRING数据库,对基因绘制 Protein-Protein 互作网络图。
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程序运行出错,报错信息如下:
1. 输入文件
示例文件为基因列表文件,需包含列名 gene_id (基因/蛋白) ;
demo数据下载:gene_list.xls
差异基因列表可添加列名 Regulation 和 FoldChange(注意列名的首字母大写)。
demo数据下载:gene_list_with_FC.xls
1. 图形输出
根据 Top 值,筛选对应数目的基因进行蛋白互作分析,并绘制 Protein-Protein 互作网络图,输出3种文件格式,svg,pdf,png。
2. 文件输出
使用输入基因列表中的所有基因进行蛋白互作分析,并输出所有关系对结果文件。
结果表头解释
表头 | 解释 |
stringId_A | 基因A的stringId |
stringId_B | 基因B的stringId |
preferredName_A | A基因名 |
preferredName_B | B基因名 |
ncbiTaxonId | NCBI的物种分类标识符 |
score | 结合不同渠道证据的概率矫正后的综合得分 |
nscore | 邻近得分(从基因间核苷酸计数计算) |
fscore | 融合得分(来自其他物种的融合蛋白质) |
pscore | 系统谱系的共存得分(源自相似的基因缺失/存在模式) |
ascore | 共表达得分(源自由DNA阵列和类似技术测量相似的mRNA表达模式) |
escore | 实验得分(来自实验数据,如亲和色谱) |
dscore | 数据库得分(派生自各种数据库的精选数据) |
tscore | 文本挖掘得分(源自摘要中同时存在的基因/蛋白质名称) |
根据 Top 值,筛选对应数目的基因进行蛋白互作分析,并输出关系对结果文件,可导入 Cytoscape 软件进行编辑。
1、选择物种
有7个物种可以选择,目前仅支持现有的物种进行分析。
2、物种与数据库版本信息
人 | version-11-5.string-db.org/organism/9606 |
小鼠 | version-11-5.string-db.org/organism/10090 |
大鼠 | version-11-5.string-db.org/organism/10116 |
猪 | version-11-5.string-db.org/organism/9823 |
鸡 | version-11-5.string-db.org/organism/9031 |
玉米 | version-11-5.string-db.org/organism/4577 |
灿稻 | NCBI taxon-Id: 4530 |
版本 | 更新日期 | 更新内容 |
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v1.0.0 | 2021.11.16 | 上线STRING蛋白互作工具 |
v1.0.1 | 2021.11.23 | 安装xlrd |
v1.0.2 | 2021.11.25 | 安装openpyxl |
v1.0.4 | 2022.11.24 | 新增是否隐藏无互作关系的节点 |