STRING蛋白互作

文献引用：Bioinformatic analysis was performed using the OECloud tools at https://cloud.oebiotech.com.
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本工具关联STRING数据库，对基因绘制 Protein-Protein 互作网络图。

参数调整

输入文件, 包含"gene_id"列；若含有"Regulation", 需包含"FoldChange"。
默认物种：人
对结果进行命名用于区分不同的任务，默认为当前工具名称_当前日期时间
默认top值：0，当输入文件含有"Regulation"时，将筛选上下调全部进行蛋白互作分析并绘制网络图。
选择是否隐藏，无互作关系的节点。
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结果与说明

任务正在排队中，目前后台任务排队数量:

当前任务开始运行后预计需要耗时

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程序正在运行中，预计需要耗时

{{ m.content }}

程序运行出错，报错信息如下：

1. 输入文件

    示例文件为基因列表文件，需包含列名 gene_id (基因/蛋白) ；

gene_list.png

        demo数据下载：gene_list.xls

    差异基因列表可添加列名 Regulation 和 FoldChange（注意列名的首字母大写）。


gene_list_FC.png

        demo数据下载：gene_list_with_FC.xls

1. 图形输出

        根据 Top 值，筛选对应数目的基因进行蛋白互作分析，并绘制 Protein-Protein 互作网络图，输出3种文件格式，svg,pdf,png。

string_protein-protein-interaction.png




2. 文件输出

        使用输入基因列表中的所有基因进行蛋白互作分析，并输出所有关系对结果文件。

table_for_all.png

        结果表头解释

表头
解释
stringId_A基因A的stringId
stringId_B基因B的stringId
preferredName_AA基因名
preferredName_BB基因名
ncbiTaxonIdNCBI的物种分类标识符
score结合不同渠道证据的概率矫正后的综合得分
nscore邻近得分（从基因间核苷酸计数计算）
fscore融合得分（来自其他物种的融合蛋白质）
pscore系统谱系的共存得分（源自相似的基因缺失/存在模式）
ascore共表达得分（源自由DNA阵列和类似技术测量相似的mRNA表达模式）
escore实验得分（来自实验数据，如亲和色谱）
dscore数据库得分（派生自各种数据库的精选数据）
tscore文本挖掘得分（源自摘要中同时存在的基因/蛋白质名称）


        根据 Top 值，筛选对应数目的基因进行蛋白互作分析，并输出关系对结果文件，可导入 Cytoscape 软件进行编辑。

table_for_cytoscape.png

1、选择物种

       有7个物种可以选择，目前仅支持现有的物种进行分析。

2、物种与数据库版本信息


人version-11-5.string-db.org/organism/9606
小鼠version-11-5.string-db.org/organism/10090
大鼠version-11-5.string-db.org/organism/10116
猪version-11-5.string-db.org/organism/9823
鸡version-11-5.string-db.org/organism/9031
玉米version-11-5.string-db.org/organism/4577
灿稻NCBI taxon-Id: 4530
版本更新日期更新内容
v1.0.02021.11.16上线STRING蛋白互作工具
v1.0.12021.11.23安装xlrd
v1.0.22021.11.25安装openpyxl
v1.0.42022.11.24新增是否隐藏无互作关系的节点
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