STRING蛋白互作

文献引用:Bioinformatic analysis was performed using the OECloud tools at https://cloud.oebiotech.cn. -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 本工具关联STRING数据库,对基因绘制 Protein-Protein 互作网络图。

参数调整

输入文件, 包含"gene_id"列;若含有"Regulation", 需包含"FoldChange"。
默认物种:人
默认top值:25,当输入文件含有"Regulation"时,将筛选上下调各25进行蛋白互作分析并绘制网络图。
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结果与说明

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结果下载

本次分析未能正常生成结果文件,请核对输入信息或者参考使用说明进行使用!

1. 输入文件

        示例文件为基因列表文件,需包含列名 gene_id (基因/蛋白) ;差异基因列表可添加列名 Regulation FoldChange

gene_list.png

        demo数据下载gene_list.xls


gene_list_FC.png

        demo数据下载gene_list_with_FC.xls


1. 图形输出

        根据 Top 值,筛选对应数目的基因进行蛋白互作分析,并绘制 Protein-Protein 互作网络图,输出3种文件格式,svg,pdf,png。

string_protein-protein-interaction.png


2. 文件输出

        使用输入基因列表中的所有基因进行蛋白互作分析,并输出所有关系对结果文件。

table_for_all.png

        结果表头解释

表头
解释
stringId_A基因A的stringId
stringId_B基因B的stringId
preferredName_AA基因名
preferredName_BB基因名
ncbiTaxonIdNCBI的物种分类标识符
score结合不同渠道证据的概率矫正后的综合得分
nscore邻近得分(从基因间核苷酸计数计算)
fscore融合得分(来自其他物种的融合蛋白质)
pscore系统谱系的共存得分(源自相似的基因缺失/存在模式)
ascore共表达得分(源自由DNA阵列和类似技术测量相似的mRNA表达模式)
escore实验得分(来自实验数据,如亲和色谱)
dscore数据库得分(派生自各种数据库的精选数据)
tscore文本挖掘得分(源自摘要中同时存在的基因/蛋白质名称)


        根据 Top 值,筛选对应数目的基因进行蛋白互作分析,并输出关系对结果文件,可导入 Cytoscape 软件进行编辑。

table_for_cytoscape.png

版本更新日期更新内容
v1.0.02021.11.16上线STRING蛋白互作工具
v1.0.12021.11.23安装xlrd
v1.0.22021.11.25安装openpyxl


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