一个基因的表达变化从一个时间点往下一个时间的变化主要有三种趋势，即 增加 、不变 和 减小 。
如果只有两个时间的话，变化趋势有3种，三个时间点的话，变化趋势共有9种，n个时间点的话变化趋势共有 n3 种变化趋势。
构建出对应的变化趋势之后，将基因的表达数据转换，计算转换后的数据与对应变化趋势的相似性，最终衡量基因属于哪一个趋势，同时，随机打乱时间点，重新进行趋势分析，统计每个趋势中的基因的数量，进行大量的随机重排之后，每个趋势中可以得到一个期望的基因数量，最终利用超几何分布算法计算该趋势的p-value。