fq序列转fa序列

文献引用:Bioinformatic analysis was performed using the OECloud tools at https://cloud.oebiotech.cn. -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 本工具为fastq序列转换成fasta序列。 输出文件名以输入文件夹决定,输出文件后缀为.fasta。

参数调整

输入文件为fastq格式,文件大小不能超过200M
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结果与说明

工具预估运行时间为 {{ run_time }}

程序运行出错,报错信息如下:

请检查数据文件格式后重新提交运行

结果下载

本次分析未能正常生成结果文件,请核对输入信息或者参考使用说明进行使用!

  1. 1. fastq文件中每个序列通常有四行

  1. (1)第一行:必须以字符“@”开头,后面跟随唯一的序列ID标识符和可选的序列描述内容,标识符与描述内容用空格分开;

  2. (2)第二行:核酸或氨基酸序列字符;

  3. (3)第三行:必须以字符“+”开头,后面是序列标识符和可选的描述信息;

  4. (4)第四行:碱基质量信息,和第二行的序列相对应,每一个序列都有一个质量评分,根据评分体系的不同,每个字符的含义表示的数字也不相同。


fq.png


    demo数据下载:demo.fastq


  1. 2. fasta文件以序列表示,以序列作为一个基本单元,各行记录信息如下:

  1. (1)第一行:由大于号“>”开头的任意文字说明,用于序列标记,为了区分每条序列,单个序列的标识必须具有唯一性;

  2. (2)第二行:为序列本身,只允许使用既定的核苷酸或氨基酸编码符号。


out_fa.png


    demo结果下载:demo.fasta


  1. (1) 输入序列文件必须为fasta格式文件;

版本
更新日期版本信息
v1.1
2020.10.25
更新说明文档


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