序列提取

文献引用:Bioinformatic analysis was performed using the OECloud tools at https://cloud.oebiotech.cn. -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 提取fasta序列文件中特定基因的序列。 (仅支持200Mb以下文件)

参数调整

输入基因名,可通过回车或者逗号分隔
输入一个.fa或.fasta序列文件,用于查找。如gene.fa, Unigene.fa
设置每行长度,默认为70
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结果与说明

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程序运行出错,报错信息如下:

请检查数据文件格式后重新提交运行

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本次分析未能正常生成结果文件,请核对输入信息或者参考使用说明进行使用!

1. 输入序列文件(fa 或者 fasta)

  1. (1)第一行是由“>”开始的任意文字说明,用于序列标记,为了确保后续分析软件能够区分每条序列,单个序列的标识必须具有唯一性;

  2. (2)第二行是碱基ATCG/ATCU序列,核苷酸符号大小写均可。

  3. QQ图片20210525165943.png

  4. demo数据:gene.fa

2. 文本框输入

    请用换行分隔基因名,否则可能会造成匹配失败。

    输入框输入:

    TRINITY_DN0_c0_g1_i1_2

    LOC112268260

    MEI4

    IRAK1BP1

    ROR2

    Isoform_85535

    !!!

    12345

    欧易生物

       

1. 结果示例1

        首先会返回一个含匹配到的基因名及序列的output.fa文件,结果如下:
                Q4.png

2. 结果示例2

          若存在未匹配成功的基因,则会生成一个unfound_genes.txt文件。

          其中包含了所有未匹配到的基因名。结果如下(顺序不定,""""""可忽视):

                image.png


1. 基因名间用换行符相隔,否则可能会造成匹配不准确

版本
更新日期版本信息
v0.1
2021.05.26
更新说明文档



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