文献引用:Bioinformatic analysis was performed using the OECloud tools at https://cloud.oebiotech.com.
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本工具为组学关联散点图(Scatter plot),可以通过两组学在二维(即水平X轴和垂直Y轴)平面分布直观表现出两者总体关系趋势。
通过线性回归来衡量两组数据的相关性(可选Pearson,Spearman和 Kendall)。P值小于0.05的情况下,R2值越大,相关性越高。
另外,也可以计算置信区间,用浅灰色阴影绘制在散点图中。
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程序运行出错,报错信息如下:
1. 输入文件
第一列:对应名称(基因/蛋白/代谢物/微生物等),若包含重复,请去重。
第二列:表示第一个组学的表达量。
第三列:表示第二个组学的表达量。
demo数据下载:data.xls
1. 结果说明
图中的每个点表示分别在X轴和Y轴的数值分布,通过线性回归可以来衡量两组学数据的线性关系。还可以计算两组数据的(Pearson,Spearman和 Kendall)相关性,结果保存在Scatter_plot.txt中。另外,线两边的浅灰色阴影代表置信区间。
demo结果下载:Scatter_plot.txt
图中的每个点表示分别在X轴和Y轴的数值分布。可以计算两组数据的(Pearson,Spearman和 Kendall)相关性,结果保存在Scatter_plot.txt中。
通过计算两组学数据的(Pearson,Spearman和 Kendall)相关性可以得到相关性系数R2和P值,P值小于0.05的情况下,R2值越大,相关性越高。
(1) 程序读取3列数据,其中第2、3列为数值型数据;
(2) 外来数据格式不兼容时,请使用本工具前,按照输入示例文件格式对数据进行修改;
版本 | 更新日期 | 更新内容 |
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v1.1 | 2020.10.25 | 更新说明文档 |
v2.0 | 2021.06.20 | 解决输入文件读取问题,增加字体、字型参数 |