芯片散点图

文献引用:Bioinformatic analysis was performed using the OECloud tools at https://cloud.oebiotech.cn. -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 本工具为绘制芯片散点图。 芯片数据分组比较后的差异基因数据经过quantile normalization方法归一化后绘制散点图(scatter plot),常用于评估两组数据总体分布集中趋势,图中的点代表芯片上的探针点。

参数调整

差异基因未筛选文件(从芯片项目报告中"差异未筛选.csv"文件提取)
差异基因筛选文件
差异倍数阈值
第一列探针名称,第二列基因名称
提交 重置

结果与说明

工具预估运行时间为 {{ run_time }}

程序运行出错,报错信息如下:

请检查数据文件格式后重新提交运行

结果下载

本次分析未能正常生成结果文件,请核对输入信息或者参考使用说明进行使用!

  1. 1. 所有基因或者探针的表达量检测结果

    含有3列信息,第一列对应探针名称或者基因名称,若包含重复,请去重。第二列表示实验组的表达量,列名必须为Case_mean,第三列表示对照组的表达量,列名必须为Control_mean


nodeg.png


demo数据下载scatter_alldata.xls




  1. 2. 差异筛选结果

    含有4列信息,内容同1.1所有数据一致,额外多出一列 Regulation 表示基因或者探针的上下调情况。

image.png



demo数据下载scatter_degdata.xls




  1. 3. 基因标注

    含有2列信息,第一列为探针名称,第二列为基因名称。

scatter_gene_anno.png

demo数据下载:scatter_gene_anno.xls



    注:用于分析的数据需要进行过log2转换后的数据,芯片的分析数据一般已经进行过log2转换,若数据是测序的数据,需要将数据转换为log2(fpkm+1)后的数据才可进行展示。


  1. 1.散点图结果示例

    Y轴表示实验组的表达量,X轴表示对照组的表达量,图上的每一个点表示本次结果中的基因或者探针,其中红色的点表示上调,蓝色的点表示下调,灰色的点表示没有满足差异筛选条件。上下调的倍数设置取决于分析时设置的倍数阈值。


scatter.png


    注: 结果中可以看到在上下调两倍的阈值以上,还存在着较多灰色的点,这些点满足差异倍数大于指定阈值,但是在其他差异筛选条件可能满足不了,比如差异倍数较大,但是p值也很大,这种点一般也认为是不可信的,所以标注为灰色的点。


  1. (1) 用于分析的数据需要进行过log2转换后的数据,芯片的分析数据一般已经进行过log2转换,若数据是测序的数据,需要将数据转换为log2(fpkm+1)后的数据才可进行展示;

    (2)表示实验组的表达量,列名必须为Case_mean,表示对照组的表达量,列名必须为Control_mean

版本
更新日期更新内容
v1.02020.09.01更新说明文档
v1.12022.04.24新增x,y轴标题调整参数





问题反馈