芯片散点图

文献引用：Bioinformatic analysis was performed using the OECloud tools at https://cloud.oebiotech.cn. -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 本工具为绘制芯片散点图。 芯片数据分组比较后的差异基因数据经过quantile normalization方法归一化后绘制散点图(scatter plot)，常用于评估两组数据总体分布集中趋势，图中的点代表芯片上的探针点。

参数调整

差异基因未筛选文件（从芯片项目报告中"差异未筛选.csv"文件提取）
差异基因筛选文件
差异倍数阈值
第一列探针名称，第二列基因名称
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结果与说明

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程序运行出错，报错信息如下：

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本次分析未能正常生成结果文件，请核对输入信息或者参考使用说明进行使用！

  1. 1. 所有基因或者探针的表达量检测结果

    含有3列信息，第一列对应探针名称或者基因名称，若包含重复，请去重。第二列表示实验组的表达量，列名必须为Case_mean，第三列表示对照组的表达量，列名必须为Control_mean。


nodeg.png


demo数据下载：scatter_alldata.xls




  1. 2. 差异筛选结果

    含有4列信息，内容同1.1所有数据一致，额外多出一列 Regulation 表示基因或者探针的上下调情况。

image.png



demo数据下载：scatter_degdata.xls




  1. 3. 基因标注

    含有2列信息，第一列为探针名称，第二列为基因名称。

scatter_gene_anno.png

demo数据下载：scatter_gene_anno.xls



    注：用于分析的数据需要进行过log2转换后的数据，芯片的分析数据一般已经进行过log2转换，若数据是测序的数据，需要将数据转换为log2（fpkm+1）后的数据才可进行展示。

  1. 1.散点图结果示例

    Y轴表示实验组的表达量，X轴表示对照组的表达量，图上的每一个点表示本次结果中的基因或者探针，其中红色的点表示上调，蓝色的点表示下调，灰色的点表示没有满足差异筛选条件。上下调的倍数设置取决于分析时设置的倍数阈值。


scatter.png


    注: 结果中可以看到在上下调两倍的阈值以上，还存在着较多灰色的点，这些点满足差异倍数大于指定阈值，但是在其他差异筛选条件可能满足不了，比如差异倍数较大，但是p值也很大，这种点一般也认为是不可信的，所以标注为灰色的点。

  1. (1) 用于分析的数据需要进行过log2转换后的数据，芯片的分析数据一般已经进行过log2转换，若数据是测序的数据，需要将数据转换为log2(fpkm+1)后的数据才可进行展示；

    (2）表示实验组的表达量，列名必须为Case_mean，表示对照组的表达量，列名必须为Control_mean。
版本
更新日期更新内容
v1.02020.09.01更新说明文档
v1.12022.04.24新增x,y轴标题调整参数
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