转录组一键化报告

文献引用:Bioinformatic analysis was performed using the OECloud tools at https://cloud.oebiotech.cn.
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转录组一键化报告基于常规报告表达和注释背景文件,根据提供的样本分组表和差异比较表进行表达统计,差异比较和富集分析。结果文件内容和格式与常规报告一致。

参数调整

请根据使用说明整理并上传zip数据文件,路径:result\OECloud_tools\data.zip,不需要修改,直接使用
以tab分割的文本文件(txt)以及excel文件(xlsx、xls),路径:result\OECloud_tools\sample_group.txt,根据调整需求,参照右侧"使用说明-2. 样本与分组的对应关系文件"修改
以tab分割的文本文件(txt)以及excel文件(xlsx、xls),路径:result\OECloud_tools\diff_group.txt,根据调整需求,参照右侧"使用说明-3. 分组比较文件"修改
选择自适应(所有比较组q值差异基因数都小于200会自动切换为p值筛选差异)或使用p值或者q值进行差异筛选,默认为自适应
默认为0.05
通常为2,两倍差异
生成文件名称的标题
输入新旧样本名对照文件,用于自动修改样本名
提交 重置

结果与说明

工具预估耗时

程序运行出错,报错信息如下:

请检查数据文件格式后重新提交运行

本分析流程需要提供以下文件:

1. 数据文件包

data_v2.zip

该文件包可在OE转录组报告中的result/OECloud_tools目录中获取。如果已经是data.zip文件可直接导入,如果是非压缩格式,请直接框选其中所有文件压缩为data.zip再导入。(data.zip解压后直接为所有需要文件,请不要对上层目录进行压缩,可参考示例data.zip)
该文件包中包含以下数据和背景文件:

counts.xls, fpkm.xls, annotation.xls, go.backgroud.xls, kegg.backgroud.xls,  anno-kegg.backgroud.xls, reactome.backgroud.xls, wikipathways.backgroud.xls, html_png/
说明:请勿改动该文件包中的任何文件,包括编辑,保存和另存为。否则可能导致后续分析错误。若data.zip中不包含 reactome.backgroud.xls, wikipathways.backgroud.xls, 则不进行reactome与wikipathways富集。


2. 样本与分组的对应关系文件(支持以tab分割的txt 后缀文本文件,xls及xlsx的excel文件)

sample_group_v2.txt

该文件填写格式如下:

样本名称必须与项目报告中完全一致,否则无法调用!第一列为样本名称,第二列为分组名称。

示例格式如下:


samplegroup.png


文件表头需与示例格式完全一致!

说明:如需删除部分样本,只需在本表中填写保留样本,流程会截取保留样本进行后续分析。


3. 分组比较文件(支持以tab分割的txt 后缀文本文件,xls及xlsx的excel文件

diff_DEG_group_v2.txt

该文件包含差异分组比较信息以及差异计算方法。示例格式如下:


deg_group.png


文件表头需与示例格式完全一致!

请查看重要说明中具体文件填写说明


可选择提供以下文件:

4. 样本名对照文件支持以tab分割的txt 后缀文本文件,xls及xlsx的excel文件

rename_v2.txt

该文件填写格式如下:

原始样本名称必须与项目报告中完全一致,否则无法调用!第一列为原始样本名称,第二列为修改后的新样本名称。

示例格式如下:

Screen Shot 2022-05-30 at 12.36.39.png

文件表头需与示例格式完全一致!



分组比较文件填写说明:

该文件一共七列,第一列是实验组样本,以英文逗号分隔。第二列是实验组名,用于差异图表展示。第三列是对照组样本,以英文逗号分隔。第四列是对照组名,用于差异图表展示。第五列为是否生物学重复,是则填写yes, 否则为no。第六列是配对信息,是配对分析则填写yes, 否则为no。第七列是差异分析软件(DESeq或者DESeq2)。

1、  文件中的实验组名和对照组名不可同时存在重复,即不可存在两行实验组名和对照组名完全一样,因为差异输出结果是以实验组名+对照组名展示,如果完全一样,会导致前后覆盖或者分析错误。

2、  只要不是1 vs 1单样本比单样本,即为重复,第五列须填写yes。

3  DESeq2只能用于重复比较,不可用于非重复比较。

4、  配对分析只能用DESeq2,且实验组与对照组需要样本数一致,且配对样本位置需要一致。比如A1 C1 为配对样本,A2 C2为配对样本…,那么配对分析实验组为A1,A2,A3则对照组需为C1,C2,C3,而不能是C1,C3,C2,尽管位置填错依旧可以分析,但结果是不准确的。


                                                            转录组一键化报告

Screen Shot 2022-06-02 at 08.41.25.png

若分析流程顺利完成,在完成结果中可以看到下载链接。点击下载即可。

如果页面关闭,可以到个人中心-小工具任务记录查看任务。


分析结果包含内容与欧易生物转录组标准报告表达水平分析差异分析富集内容一致。

包含三个文件夹:

表达统计分析结果:gene_expression

差异分析结果:different_expressed_gene

富集分析结果:function_of_different_expressed_gene

 

说明:文件内容和格式与转录组报告对应文件一致,可参考常规报告说明查看结果


版本更新日期更新内容
v2.02022.06.14v2版上线。生成新版有参转录组报告内容