本分析流程需要提供以下文件：

1. 数据文件包

data_v2.zip

该文件包可在OE转录组报告中的result/OECloud_tools目录中获取。如果已经是data.zip文件可直接导入，如果是非压缩格式，请直接框选其中所有文件压缩为data.zip再导入。（data.zip解压后直接为所有需要文件，请不要对上层目录进行压缩，可参考示例data.zip）
该文件包中包含以下数据和背景文件：

counts.xls, fpkm.xls, annotation.xls, go.backgroud.xls, kegg.backgroud.xls,  anno-kegg.backgroud.xls, reactome.backgroud.xls, wikipathways.backgroud.xls, html_png/
说明：请勿改动该文件包中的任何文件，包括编辑，保存和另存为。否则可能导致后续分析错误。若data.zip中不包含 reactome.backgroud.xls, wikipathways.backgroud.xls, 则不进行reactome与wikipathways富集。

2. 样本与分组的对应关系文件（支持以tab分割的txt 后缀文本文件,xls及xlsx的excel文件）

sample_group_v2.txt

该文件填写格式如下：

样本名称必须与项目报告中完全一致，否则无法调用！第一列为样本名称，第二列为分组名称。

示例格式如下：

文件表头需与示例格式完全一致！

说明：如需删除部分样本，只需在本表中填写保留样本，流程会截取保留样本进行后续分析。

3. 分组比较文件（支持以tab分割的txt 后缀文本文件,xls及xlsx的excel文件）

diff_DEG_group_v2.txt

该文件包含差异分组比较信息以及差异计算方法。示例格式如下：

文件表头需与示例格式完全一致！

请查看重要说明中具体文件填写说明。

可选择提供以下文件：

4. 样本名对照文件（支持以tab分割的txt 后缀文本文件,xls及xlsx的excel文件）

rename_v2.txt

该文件填写格式如下：

原始样本名称必须与项目报告中完全一致，否则无法调用！第一列为原始样本名称，第二列为修改后的新样本名称。

示例格式如下：

文件表头需与示例格式完全一致！

分组比较文件填写说明：

该文件一共七列，第一列是实验组样本，以英文逗号分隔。第二列是实验组名，用于差异图表展示。第三列是对照组样本，以英文逗号分隔。第四列是对照组名，用于差异图表展示。第五列为是否生物学重复，是则填写yes, 否则为no。第六列是配对信息，是配对分析则填写yes, 否则为no。第七列是差异分析软件（DESeq或者DESeq2）。

1、  文件中的实验组名和对照组名不可同时存在重复，即不可存在两行实验组名和对照组名完全一样，因为差异输出结果是以实验组名+对照组名展示，如果完全一样，会导致前后覆盖或者分析错误。

2、  只要不是1 vs 1单样本比单样本，即为重复，第五列须填写yes。

3、  DESeq2只能用于重复比较，不可用于非重复比较。

4、  配对分析只能用DESeq2，且实验组与对照组需要样本数一致，且配对样本位置需要一致。比如A1 C1 为配对样本，A2 C2为配对样本…，那么配对分析实验组为A1,A2,A3则对照组需为C1,C2,C3，而不能是C1,C3,C2，尽管位置填错依旧可以分析，但结果是不准确的。

                                                            转录组一键化报告

若分析流程顺利完成，在完成结果中可以看到下载链接。点击下载即可。

如果页面关闭，可以到个人中心-小工具任务记录查看任务。

分析结果包含内容与欧易生物转录组标准报告的表达水平分析，差异分析和富集内容一致。

包含三个文件夹：

表达统计分析结果：gene_expression

差异分析结果：different_expressed_gene

富集分析结果：function_of_different_expressed_gene

说明：文件内容和格式与转录组报告对应文件一致，可参考常规报告说明查看结果。