文献引用:Bioinformatic analysis was performed using the OECloud tools at https://cloud.oebiotech.cn.
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转录组一键化报告基于常规报告表达和注释背景文件,根据提供的样本分组表和差异比较表进行表达统计,差异比较和富集分析。结果文件内容和格式与常规报告一致。
工具预估耗时 秒
程序运行出错,报错信息如下:
请检查数据文件格式后重新提交运行
本分析流程需要提供以下文件:
1. 数据文件包
该文件包可在OE转录组报告中的result/OECloud_tools目录中获取。如果已经是data.zip文件可直接导入,如果是非压缩格式,请直接框选其中所有文件压缩为data.zip再导入。(data.zip解压后直接为所有需要文件,请不要对上层目录进行压缩,可参考示例data.zip)
该文件包中包含以下数据和背景文件:
counts.xls, fpkm.xls, annotation.xls, go.backgroud.xls, kegg.backgroud.xls, anno-kegg.backgroud.xls, reactome.backgroud.xls, wikipathways.backgroud.xls, html_png/
说明:请勿改动该文件包中的任何文件,包括编辑,保存和另存为。否则可能导致后续分析错误。若data.zip中不包含 reactome.backgroud.xls, wikipathways.backgroud.xls, 则不进行reactome与wikipathways富集。
2. 样本与分组的对应关系文件(支持以tab分割的txt 后缀文本文件,xls及xlsx的excel文件)
该文件填写格式如下:
样本名称必须与项目报告中完全一致,否则无法调用!第一列为样本名称,第二列为分组名称。
示例格式如下:
文件表头需与示例格式完全一致!
说明:如需删除部分样本,只需在本表中填写保留样本,流程会截取保留样本进行后续分析。
3. 分组比较文件(支持以tab分割的txt 后缀文本文件,xls及xlsx的excel文件)
该文件包含差异分组比较信息以及差异计算方法。示例格式如下:
文件表头需与示例格式完全一致!
请查看重要说明中具体文件填写说明。
可选择提供以下文件:
4. 样本名对照文件(支持以tab分割的txt 后缀文本文件,xls及xlsx的excel文件)
该文件填写格式如下:
原始样本名称必须与项目报告中完全一致,否则无法调用!第一列为原始样本名称,第二列为修改后的新样本名称。
示例格式如下:
文件表头需与示例格式完全一致!
分组比较文件填写说明:
该文件一共七列,第一列是实验组样本,以英文逗号分隔。第二列是实验组名,用于差异图表展示。第三列是对照组样本,以英文逗号分隔。第四列是对照组名,用于差异图表展示。第五列为是否生物学重复,是则填写yes, 否则为no。第六列是配对信息,是配对分析则填写yes, 否则为no。第七列是差异分析软件(DESeq或者DESeq2)。
1、 文件中的实验组名和对照组名不可同时存在重复,即不可存在两行实验组名和对照组名完全一样,因为差异输出结果是以实验组名+对照组名展示,如果完全一样,会导致前后覆盖或者分析错误。
2、 只要不是1 vs 1单样本比单样本,即为重复,第五列须填写yes。
3、 DESeq2只能用于重复比较,不可用于非重复比较。
4、 配对分析只能用DESeq2,且实验组与对照组需要样本数一致,且配对样本位置需要一致。比如A1 C1 为配对样本,A2 C2为配对样本…,那么配对分析实验组为A1,A2,A3则对照组需为C1,C2,C3,而不能是C1,C3,C2,尽管位置填错依旧可以分析,但结果是不准确的。
转录组一键化报告
若分析流程顺利完成,在完成结果中可以看到下载链接。点击下载即可。
如果页面关闭,可以到个人中心-小工具任务记录查看任务。
分析结果包含内容与欧易生物转录组标准报告的表达水平分析,差异分析和富集内容一致。
包含三个文件夹:
表达统计分析结果:gene_expression
差异分析结果:different_expressed_gene
富集分析结果:function_of_different_expressed_gene
说明:文件内容和格式与转录组报告对应文件一致,可参考常规报告说明查看结果。
版本 | 更新日期 | 更新内容 |
v2.0 | 2022.06.14 | v2版上线。生成新版有参转录组报告内容 |