文献引用:Bioinformatic analysis was performed using the OECloud tools at https://cloud.oebiotech.cn. -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 本工具为绘制蛋白(基因)互作网络图,以目标蛋白(基因)列表及该物种所有蛋白(或者对应基因)间可能存在的两两互作关系为输入文件,通过环形网络的形式直观展示一组蛋白(基因)中连接度较高的蛋白(基因)之间的相互作用关系。若带有表达量变化信息,还可以不同颜色区分上下调信息。
工具预估运行时间为 {{ run_time }} 秒
程序运行出错,报错信息如下:
请检查数据文件格式后重新提交运行
本次分析未能正常生成结果文件,请核对输入信息或者参考使用说明进行使用!
1. 蛋白节点文件
第1列为蛋白ID,第2列为对应基因名,第三列为对应蛋白表达水平变化(第二、三列数据为可选)。需包含表头"Accession"、"Gene"、"FC"。
demo数据下载:nodes.xls
2. 蛋白连接度文件
第1,2列分别为两种蛋白的ID,第3列为两者之间的分数。需包含表头"node1"、"node2"、"combined_score"。
demo数据下载:edges.xls
1.图形输出
根据连接度排名前25的节点,分别用蛋白ID和基因名进行绘制网络。图中圆圈表示差异蛋白(基因),红色(默认颜色)代表上调蛋白(基因),绿色(默认颜色)代表下调蛋白(基因);如果蛋白节点文件中没有蛋白表达水平FC值,则为灰色。圆的大小代表连接度高低,圆圈越大表示连接度越高。
1.上传的两个文件的表头(如"Accession","Gene","FC","node1","node2","combined_score")必须与示例一致,区分大小写。
版本 | 更新日期 | 更新内容 |
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v1.0.1 | 2021.11.26 | 上线工具 |