PPI绘图

文献引用:Bioinformatic analysis was performed using the OECloud tools at https://cloud.oebiotech.cn. -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 本工具为绘制蛋白(基因)互作网络图,以目标蛋白(基因)列表及该物种所有蛋白(或者对应基因)间可能存在的两两互作关系为输入文件,通过环形网络的形式直观展示一组蛋白(基因)中连接度较高的蛋白(基因)之间的相互作用关系。若带有表达量变化信息,还可以不同颜色区分上下调信息。

参数调整

选择蛋白(基因)节点文件
选择蛋白(基因)连接度文件
设置表达量上调节点颜色,默认为红色
设置表达量下调节点颜色,默认为绿色
有无表达量变化值,默认为无
是否根据连接度调整节点大小,默认为是
设置字体类型,默认为Arial
设置字体大小,默认12号
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结果与说明

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结果下载

本次分析未能正常生成结果文件,请核对输入信息或者参考使用说明进行使用!

1.  蛋白节点文件

第1列为蛋白ID,第2列为对应基因名,第三列为对应蛋白表达水平变化(第二、三列数据为可选)。需包含表头"Accession"、"Gene"、"FC"。

Screenshot_2.png


    demo数据下载nodes.xls


2.  蛋白连接度文件

第1,2列分别为两种蛋白的ID,第3列为两者之间的分数。需包含表头"node1"、"node2"、"combined_score"。

Screenshot_1.png


    demo数据下载edges.xls



1.图形输出

根据连接度排名前25的节点,分别用蛋白ID和基因名进行绘制网络。图中圆圈表示差异蛋白(基因),红色(默认颜色)代表上调蛋白(基因),绿色(默认颜色)代表下调蛋白(基因);如果蛋白节点文件中没有蛋白表达水平FC值,则为灰色。圆的大小代表连接度高低,圆圈越大表示连接度越高。

ppi_query示例.png

gene_query示例.png

1.上传的两个文件的表头(如"Accession","Gene","FC","node1","node2","combined_score")必须与示例一致,区分大小写。

版本
更新日期更新内容
v1.0.1
2021.11.26

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