靶标预测

文献引用:Bioinformatic analysis was performed using the OECloud tools at https://cloud.oebiotech.cn. -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 本工具使用miranda软件预测靶标关系。

参数调整

上传miRNA序列。文件名请不要包含空格, ()等特殊字符
序列条数不能超过100,总长度不能超过10W。文件名请不要包含空格, ()等特殊字符
通常选择-10到-30,数值越小越严格
通常选择140/150,数值越大越严格
miRNA种子区域是否需要严格匹配
提交 重置

结果与说明

工具预估运行时间为 {{ run_time }}

程序运行出错,报错信息如下:

请检查数据文件格式后重新提交运行

结果下载

本次分析未能正常生成结果文件,请核对输入信息或者参考使用说明进行使用!

  1. 1. miRNA序列示例文件



miRNA_fa.png


demo数据下载miRNA.fa



  1. 2. 靶向RNA(mRNA)序列示例文件


targetRNA_fa.png


    demo数据下载mRNA.fa



  【demo文件压缩包下载:示例序列文件.zip


  1. 1. "mirna_target_raw.txt"

    靶标的详细信息,包括结合位点示意、结合分数、结合自由能等。


  1. 2. "mirna_target_Result.csv"

    靶标结合表格结果表头解释

表头
解释
miRNAmiRNA的ID
Target靶RNA的ID
Total Score总的结合分数
Total Energy总的自由能
Max Score最大结合分数
Max Energy最大自由能
miRNA LengthmiRNA的长度
Target Length靶RNA的长度
PositionsmiRNA在靶RNA上的结合位点


  1. (1) 本工具程序接收miRNA,靶向mRNA(mRNA/lncRNA/circRNA)的fa格式序列文件;


版本
使用说明版本信息
v1.1
2020.10.25
更新说明文档





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