微生物&代谢组学分析

微生物&代谢组学分析通过将微生物数据与代谢数据进行综合了考量,旨在找出关键性Biomarker,提示样本间关系,揭示内在的生物学意义。

参数调整

项目号即合同号例如HT2021-XXXX(!切记不要有空格)
展示在网页报告上的客户姓名(!切记不要有空格)
选择对应的实验物种
对应关系分组表
代谢物数据矩阵表,请参考代谢组学报告文件:3.数据矩阵/数据矩阵.xlsx
差异代谢物表,请参考代谢组学报告文件:6.差异代谢物/差异代谢物.xlsx
微生物分类的最高水平,比如门、纲、目、科、属
微生物分类的最高水平,比如纲、目、科、属、种
多个level的目录压缩文件,并以对应水平的英文名称命名,如16S项目报告中:result\3.Community_Structure\abundance\relative_abundance
相关性计算方法
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结果与说明

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程序运行出错,报错信息如下:

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1、代谢组报告文件

1)代谢物数据矩阵表,请参考代谢组学报告文件:3.数据矩阵/数据矩阵.xlsx》

必须包含代谢物和各样本的测量值。









MetabolitesMFA1MFA2
MFA3MFA4
PE(16:0/0:0)859812422351153721501664
4-Pyridoxic acid231132201110691220203297
LysoPC(0:0/16:0)2018431286153100375254147
LysoPE(15:0/0:0)2260049197415453778578
L-Histidine13877258492371468249
Etretinate762686275494252682























demo示例数据数据矩阵.xlsx


2)差异代谢物表,请参考代谢组学报告文件:6.差异代谢物/差异代谢物.xlsx》

必须包含代谢物和各样本的测量值。




MetabolitesMFA1MFA2
MFA3MFA4
3b,7a-Dihydroxy-5b-cholanoic acid615142924707346253671009419440
Norvaline71275743017993651591213620
L-Proline600339298120950882505200210
17-HOME(9Z)1440512236422694413144023











demo示例数据差异代谢物.xlsx



2、微生物组报告文件

微生物丰度水平文件,为多个level的目录压缩文件,并以对应水平的英文名称命名,如16S项目报告中:《result\3.Community_Structure\abundance\relative_abundance\genus(phylum、class、order、family、species).xls》文件

必须包含微生物biomarker和各样本的相对丰度值。




TaxonomyMFA1MFA2
MFA3MFA4
Bacteroides0.587220.711120.47397  0.67070
Faecalibacterium0.005610.005910.016870.007514
Fusobacterium0.113300.0846780.110770.07166
Lactobacillus0.005740.011150.011560.03093










demo示例:test_micro.zip




3、对应关系分组表

分组表有两个sheet表,分别为组学分析表和分组分析表,表头和sheet名称固定,否则报错。

1)组学分析表

第一列为微生物样本,第二列为代谢物样本,第三列为通用样本名称,微生物和代谢物样本一一对应。第四列为微生物样本对应的分组名称,第五列为代谢物样本对应的分组名称,第六列为微生物和代谢物样本的分组统一名称,请一一对应。

注意:这里选择的样本必须与上传的微生物和代谢物的表格中的一致,并且微生物和代谢物的样本对应关系应是一致的,统一的样本名称和分组名称可以自由命名,一般是字母+数字即可。


omics1sampleomics2samplelabelomics1groupomics2groupgroupname
MFA1MFA1MFA1MFA1MFAMFA
MFA2MFA2MFA2MFA2MFAMFA
MFA3MFA3MFA3MFA3MFAMFA
MFA4MFA4MFA4MFA4MFAMFA
MFAP1MFAP1MFAP1MFAP1MFAPMFAP
MFAP2MFAP2MFAP2MFAP2MFAPMFAP
MFAP3MFAP3MFAP3MFAP3MFAPMFAP
MFAP4MFAP4MFAP4MFAP4MFAPMFAP
MFP1MFP1MFP1MFP1MFPMFP
MFP2MFP2MFP2MFP2MFPMFP
MFP3MFP3MFP3MFP3MFPMFP
MFP4MFP4MFP4MFP4MFPMFP
M3M3M3MSMSMS
M4M4M4MSMSMS
M5M5M5MSMSMS
M6M6M6MSMSMS
NC1NC1NC1NC1NCNC
NC2NC2NC2NC2NCNC
NC3NC3NC3NC3NCNC
NC4NC4NC4NC4NCNC
PC1PC1PC1PC1PCPC
PC2PC2PC2PC2PCPC
PC3PC3PC3PC3PCPC
PC4PC4PC4PC4PCPC



2)分组分析表

此表为两两分组比较的关系表,要对哪些分组进行两两比较,注意要与代谢组的分组一致,否则会报错。



分组1分组2
MS
NC
PCNC
MFANC
MFPNC
MFAPNC











demo示例数据group2.xlsx












结果文件说明

第一层级
第二层级第三层级表示含义
phylum----分析level结果文件夹

1.多组学维度评估样本分组--所有样本降维分析结果

2.重要性变量分析-biomarker筛选--所有样本biomarker筛选结果

3.功能分析分组1_分组2/1.correlation当前分组相关性分析结果文件

report_分组1_分组2.html--
当前分组报告结果文件


1、分析流程图

分析流程图.png