代谢通路富集分析
文献引用：Bioinformatic analysis was performed using the OECloud tools at https://cloud.oebiotech.cn. -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- KEGG( https://www.kegg.jp/ )数据库的构建旨在了解生物系统（如细胞，组织等）中基因、蛋白及代谢物的功能及相互作用关系。可以查询到与代谢物相关的代谢通路、人类疾病及药物研发等信息。该数据库的代谢物及代谢通路涉及两大类：真核生物（动物、植物、真菌及原生生物）和原核生物（细菌、古细菌）。 通过对差异代谢物进行通路富集分析，有助于理解在差异样品中代谢途径变化机制。基于KEGG数据库对差异代谢物进行代谢通路富集分析。
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1. 代谢物文件
第一列为代谢名称（以Metabolites为列名），第二列为差异倍数信息（以log2(FC)为列名，非必须列）
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代谢物.xlsx
(1) 通路富集分析
利用差异代谢物的KEGG ID进行通路富集分析，获得代谢通路富集结果。应用超几何检验，找出与整个背景相比，在显著性差异表达代谢物中显著富集的pathway条目，其计算公式为：
N为代谢物总数；n为N中差异表达代谢物的数目；M为注释为某特定pathway的代谢物数目；m为注释为某特定pathway的差异代谢物数目。以p-value≤0.05为阙值，满足此条件的pathway为在差异代谢物中显著富集的pathway。p-value越小，则该代谢通路的差异性越显著。
主要参数如下表：
代谢通路中p-value为该代谢通路富集的显著性。红线示意p值为0.01，蓝线示意p值为0.05，条柱的顶端高于蓝线时，其所代表的信号通路具有显著性。
TOP-20代谢通路富集图
代谢通路中p-value为该代谢通路富集的显著性，选择显著性富集pathway进行气泡图绘制。纵坐标为代谢通路名称；横坐标为富集因子（Rich factor，Rich factor=显著差异代谢物个数/该pathway中的总代谢物个数），Rich factor越大，则说明富集程度越大；颜色由绿到红表示p-value依次降低；点越大，说明富集到该pathway上的代谢物数目越多。
TOP-20气泡图
(2) 代谢通路图
通过KEGG pathway mapper功能对差异代谢通路进行展示，并根据上下调信息对差异代谢物着色显示。代谢通路图中的小圆圈代表代谢物。通路图中红色标识的代谢物为实验检测到的上调代谢物，蓝色为下调代谢物。我们提供了具有显著性的（p<0.05）代谢信号通路图的网页文件。代谢通路图说明见下图。
(1) 请使用本工具前，按照输入示例文件格式对数据整理；
| 版本 | 更新日期 | 更新内容 |
|---|---|---|
| v2.0.4 | 2022.4.8 | 报错机制更新 |
| v2.0.3 | 2021.6.2 | 上线工具 |