提取位点前后序列

文献引用:Bioinformatic analysis was performed using the OECloud tools at https://cloud.oebiotech.cn. -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 本工具根据提供的位点和序列,提取位点前后固定长度的序列。 输出文件名以输入文件名决定,并以.xls为后缀。

参数调整

输入文件为txt格式
输入文件为fasta格式,文件大小不能超过200M
设置要提取位点前后序列的长度
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结果与说明

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结果下载

本次分析未能正常生成结果文件,请核对输入信息或者参考使用说明进行使用!

  1. 1. 输入位点文件

  1. (1)第一列为位点所在的染色体;

  2. (2)第二列为位点所在染色体中的位置。

site_info.png


    demo数据下载site_pos.xls


  1. 2. 输入fasta序列文件

  1. (1)第一行是由“>”开始的任意文字说明,用于序列标记,为了确保后续分析软件能够区分每条序列,单个序列的标识必须具有唯一性;

  2. (2)第二行是碱基ATCG/ATCU序列,核苷酸符号大小写均可。


stat_fa.png


    demo数据下载:site_pos.fa


  1. 1. 输出结果示例(位点前后长度为400)

  1. (1)第一列为位点所在的染色体;

  2. (2)第二列为位点所在染色体中的位置;

  3. (3)第三列为位点提取的上游序列区域,若超出序列的长度,位点区域最小值为1;

  4. (4)第四列为位点提取的上游序列;

  5. (5)第五列为位点提取的下游序列区域,若超出序列的长度,位点区域最大值为该条序列的最大值;

  6. (6)第六列为位点提取的下游序列。


    demo结果下载:site_pos_seq.xls


  1. (1) 输入序列文件必须为fasta格式文件;

版本
更新日期更新内容
v1.1
2020.10.25
更新说明文档


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