提取位点前后序列

开发者：华楠, 张婷  |  更新于2 周，6 日前  |  浏览量 74

文献引用：Bioinformatic analysis was performed using the OECloud tools at https://cloud.oebiotech.cn.
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
本工具根据提供的位点和序列，提取位点前后固定长度的序列。

输出文件名以输入文件名决定，并以.xls为后缀。

参数信息
  1. 输入文件为txt格式
  2. 输入文件为fasta格式，文件大小不能超过200M
  3. 设置要提取位点前后序列的长度
相关数据
  • 使用说明
  • 结果说明
  • 重要提示
  • 版本信息

    1. 1. 输入位点文件

    1. （1）第一列为位点所在的染色体；

    2. （2）第二列为位点所在染色体中的位置。

    site_info.png


        demo数据下载：site_pos.xls


    1. 2. 输入fasta序列文件

    1. （1）第一行是由“>”开始的任意文字说明，用于序列标记，为了确保后续分析软件能够区分每条序列，单个序列的标识必须具有唯一性；

    2. （2）第二行是碱基ATCG/ATCU序列，核苷酸符号大小写均可。


    stat_fa.png


        demo数据下载：site_pos.fa


    1. 1. 输出结果示例(位点前后长度为400)

    1. （1）第一列为位点所在的染色体；

    2. （2）第二列为位点所在染色体中的位置；

    3. （3）第三列为位点提取的上游序列区域，若超出序列的长度，位点区域最小值为1；

    4. （4）第四列为位点提取的上游序列；

    5. （5）第五列为位点提取的下游序列区域，若超出序列的长度，位点区域最大值为该条序列的最大值；

    6. （6）第六列为位点提取的下游序列。


        demo结果下载：site_pos_seq.xls


    1. (1) 输入序列文件必须为fasta格式文件；

  • 版本
    		更新日期更新内容
    v1.1
    		2020.10.25
    		更新说明文档