提取位点前后序列

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开发者:zt  |  更新于3 月,4 周前  |  浏览量 84

文献引用:Bioinformatic analysis was performed using the OECloud tools at https://cloud.oebiotech.cn.
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本工具根据提供的位点和序列,提取位点前后固定长度的序列。

输出文件名以输入文件名决定,并以.xls为后缀。

参数信息
  1. 输入文件为txt格式
  2. 输入文件为fasta格式,文件大小不能超过200M
  3. 设置要提取位点前后序列的长度
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  • 版本信息
    1. 1. 输入位点文件

    1. (1)第一列为位点所在的染色体;

    2. (2)第二列为位点所在染色体中的位置。

    site_info.png


        demo数据下载site_pos.xls


    1. 2. 输入fasta序列文件

    1. (1)第一行是由“>”开始的任意文字说明,用于序列标记,为了确保后续分析软件能够区分每条序列,单个序列的标识必须具有唯一性;

    2. (2)第二行是碱基ATCG/ATCU序列,核苷酸符号大小写均可。


    stat_fa.png


        demo数据下载:site_pos.fa


    1. 1. 输出结果示例(位点前后长度为400)

    1. (1)第一列为位点所在的染色体;

    2. (2)第二列为位点所在染色体中的位置;

    3. (3)第三列为位点提取的上游序列区域,若超出序列的长度,位点区域最小值为1;

    4. (4)第四列为位点提取的上游序列;

    5. (5)第五列为位点提取的下游序列区域,若超出序列的长度,位点区域最大值为该条序列的最大值;

    6. (6)第六列为位点提取的下游序列。


        demo结果下载:site_pos_seq.xls


    1. (1) 输入序列文件必须为fasta格式文件;

  • 版本
    更新日期更新内容
    v1.1
    2020.10.25
    更新说明文档


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