肿瘤占比分析

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开发者：lp  |  更新于1 月，1 周前  |  浏览量 45

文献引用：Bioinformatic analysis was performed using the OECloud tools at https://cloud.oebiotech.cn.
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ESTIMATE是一种预测肿瘤纯度的软件，基于ssGSEA算法，利用表达数据预测肿瘤组织中浸润基质和免疫细胞比例。

参数信息
  1. 表达数据矩阵，如gene_fpkm.xls 等
    fpkm，counts等不同数据对应不同的标准化方法
相关数据
  • 使用说明
  • 结果说明
  • 重要提示
  • 版本信息

  • 1. 输入矩阵文件

        第一列为基因名称（gene_symbol），其余各列为各样品中相应基因的表达量 FPKM 值。文件支持txt,csv和xlsx格式。


    ESTIMATE_example1.png


    demo_fpkm.xls

  • 1. 肿瘤占比散点图

        各样品的肿瘤占比打分散点图。


    ESTIMATE_example2.png

    2.肿瘤占比打分表

       基于已知癌症基因数据库，计算得到每个处理样品的基质分数，免疫分数和评估分数。

    ESTIMATE_example3.png


  • (1) 表达矩阵为fpkm值，counts值或者芯片标准化定量结果，且第一列需为gene_symbol；

    (2) 基因数目较少，可能会导致富集无结果而报错；

    (3) 样本名中，建议将特殊字符(连接符“-”，小数点“.”等)替换为下划线“_”;

    (4) 存在相同特征时，将自动删除重复;


  • 版本更新日期版本信息
    v0.032021.5.8更新说明文档。
    v0.042021.6.7更新大小鼠列名匹配。
    v0.062021.6.16更新行名去冗余，不同数据分开处理算法。


    • 问题反馈