文献引用:Bioinformatic analysis was performed using the OECloud tools at https://cloud.oebiotech.cn. -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ESTIMATE是一种预测肿瘤纯度的软件,基于ssGSEA算法,利用表达数据预测肿瘤组织中浸润基质和免疫细胞比例。
工具预估运行时间为 {{ run_time }} 秒
程序运行出错,报错信息如下:
请检查数据文件格式后重新提交运行
本次分析未能正常生成结果文件,请核对输入信息或者参考使用说明进行使用!
1. 输入矩阵文件
第一列为基因名称(gene_symbol),其余各列为各样品中相应基因的表达量 FPKM 值。文件支持txt,csv和xlsx格式。
1. 肿瘤占比散点图
各样品的肿瘤占比打分散点图。
2.肿瘤占比打分表
基于已知癌症基因数据库,计算得到每个处理样品的基质分数,免疫分数和评估分数。
(1) 表达矩阵为fpkm值,counts值或者芯片标准化定量结果,且第一列需为gene_symbol;
(2) 基因数目较少,可能会导致富集无结果而报错;
(3) 样本名中,建议将特殊字符(连接符“-”,小数点“.”等)替换为下划线“_”;
(4) 存在相同特征时,将自动删除重复;
版本 | 更新日期 | 版本信息 |
v0.03 | 2021.5.8 | 更新说明文档。 |
v0.04 | 2021.6.7 | 更新大小鼠列名匹配。 |
v0.06 | 2021.6.16 | 更新行名去冗余,不同数据分开处理算法。 |