肿瘤占比分析

文献引用:Bioinformatic analysis was performed using the OECloud tools at https://cloud.oebiotech.cn. -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ESTIMATE是一种预测肿瘤纯度的软件,基于ssGSEA算法,利用表达数据预测肿瘤组织中浸润基质和免疫细胞比例。

参数调整

表达数据矩阵,如gene_fpkm.xls 等
fpkm,counts等不同数据对应不同的标准化方法
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结果与说明

工具预估运行时间为 {{ run_time }}

程序运行出错,报错信息如下:

请检查数据文件格式后重新提交运行

结果下载

本次分析未能正常生成结果文件,请核对输入信息或者参考使用说明进行使用!

1. 输入矩阵文件

    第一列为基因名称(gene_symbol),其余各列为各样品中相应基因的表达量 FPKM 值。文件支持txt,csv和xlsx格式。


ESTIMATE_example1.png


demo_fpkm.xls

1. 肿瘤占比散点图

    各样品的肿瘤占比打分散点图。


ESTIMATE_example2.png

2.肿瘤占比打分表

   基于已知癌症基因数据库,计算得到每个处理样品的基质分数,免疫分数和评估分数

ESTIMATE_example3.png


(1) 表达矩阵为fpkm值,counts值或者芯片标准化定量结果,且第一列需为gene_symbol;

(2) 基因数目较少,可能会导致富集无结果而报错;

(3) 样本名中,建议将特殊字符(连接符“-”,小数点“.”等)替换为下划线“_”;

(4) 存在相同特征时,将自动删除重复;


版本更新日期版本信息
v0.032021.5.8更新说明文档。
v0.042021.6.7更新大小鼠列名匹配。
v0.062021.6.16更新行名去冗余,不同数据分开处理算法。


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