差异分析

文献引用：Bioinformatic analysis was performed using the OECloud tools at https://cloud.oebiotech.com.
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本工具为差异分析，旨在找出不同样本间的差异表达情况。
利用R中的DESeq或DESeq2包对各个样本的counts 数目进行标准化处理（采用BaseMean值来估算表达量），计算差异倍数，并采用NB（负二项分布检验的方式）对reads数进行差异显著性检验。
筛选标准：其一，FoldChange，即两样本中同一个基因表达水平的变化倍数；其二，pValue或qValue（adjusted pValue），qValue值的计算方法先要对每个基因进行 pValue 的计算，再用 FDR 错误控制法对 pValue 作多重假设检验校正。默认筛选差异的条件为 p<0.05 且差异倍数≥2。

参数调整

注：报告中会提供counts文件，如全转项目中，文件夹“1.3.mRNA_expression”中包含的 counts_anno.xls
注：需从页面右边的示例文件中下载填写，diff_DEG_group.xlsx
选择使用p值或者q值进行差异筛选，默认为q值
通常使用0.05
通常使用2，必须大于0
测序数据类型，下拉选择。若选择测序数据类型为circRNA，则必须上传表达量文件
对结果进行命名用于区分不同的任务，默认为当前工具名称_当前日期时间
注：报告中会提供表达量文件，如全转项目中，文件夹“1.3.mRNA_expression”中包含的 fpkm_anno.xls。若选择测序数据类型为circRNA，则必须上传RPB.xls文件
字体类型，默认"Arial"
字体样式，默认"无"
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结果与说明

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{{ m.content }}

程序运行出错，报错信息如下：

    1. 输入counts文件

    counts文件为必填参数，第一列为基因名称，其余各列为各样品中相应counts数目。

counts_table.png


    demo数据下载1：counts_anno.xls  （附件中注释信息可以保留，不影响差异分析）

    demo数据下载2：counts.xls

    2.差异分组文件

    差异分组文件为必填参数；必须按照示例样式填写，支持多个差异分组同时分析。

    case列：实验组样本，多个样本时请以英文逗号分隔

    case_name列：实验组组名

    control列：对照组样本，多个样本时请以英文逗号分隔

    control_name列：对照组组名

    replicate列：如有生物学重复，填写yes，无则no

    paired列：如为配对样本，则填yes，非配对为no；注意如果为配对分析，实验组对照组样本顺序必须一一对应且数目相等，最后一列差异分析方法必须用DESeq2

    method列：差异分析方法，可以为DESeq或DESeq2


deg_group.png

demo数据下载：diff_DEG_group.xlsx

 

   3. 输入表达值矩阵

    第一列为基因名称，其余各列为各样品中相应表达量。

fpkm_table.png

    demo数据下载1：fpkm_anno.xls （附件中注释信息可以保留，不影响差异分析）

    demo数据下载2：fpkm.xls

    1.差异热图

    每个差异分组均分别生成一张热图（注：绘制差异热图必须提供表达量文件，结果仅保存为pdf格式，故未显示在网页页面上，可从结果文件中下载获取）。

A-vs-B-heatmap-p-val-0.05-FC-2.gene.png


    2.差异统计条形图

    多个分组时会同时展示在一张图中。

gene_diff_stat_barplot (1).png

    3.差异火山图

    每个差异分组均分别生成一张火山图。

A-vs-B-volcano-p-val-0.05-FC-2.gene.png

    4.差异未筛选文件

    如：A-vs-B-all.gene.xls。


    5.差异筛选文件

    如：A-vs-B-diff-pval-0.05-FC-2.gene.xls。

    (1) 请按照使用说明样式整理差异分组文件，多个样品名称以英文逗号分隔；

    (2) 输入数据矩阵中不允许存在重复基因，分析过程中程序将删除对应基因数据；

    (3) counts文件中必须存在在所有样本中表达量均大于0的基因，不然deseq无法运行。
版本更新日期更新内容
v2.3.02021.09.15修改文件读取函数；差异分析函数添加组内count均值过滤阈值；run_DESeq2_paired函数列名问题；添加检查样本名称机制；添加检查差异分组文件相关代码。
v2.2.02021.09.01
v2.1.12021.07.28修改日期基因匹配规则
v2.1.02021.06.25添加字体参数，调整输出数据表头，修改图形样式
v2.0.12020.12.25支持无表达量文件进行差异分析；图片字体修改；捕获文件格式错误信息并输出中文报错
v1.3.52020.09.15兼容txt，xls，xlsx，csv等多种文件格式输入
v1.3.42020.08.15添加差异热图，火山图，条形图，删除样本数量参数
v2.3.22020.07.12修复上传xls的bug
v2.3.32020.09.29优化部分bug
v2.3.52020.10.26优化部分行名冲突，颜色空白问题
v3.0.12023.03.19差异分析软件更新，结果图样式更新，新增circRNA差异分析，字体相关参数在火山图生效
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