差异分析
文献引用：Bioinformatic analysis was performed using the OECloud tools at https://cloud.oebiotech.cn. -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 本工具为差异分析，旨在找出不同样本间的差异表达情况。 利用R中的DESeq或DESeq2包对各个样本的counts 数目进行标准化处理（采用BaseMean值来估算表达量），计算差异倍数，并采用NB（负二项分布检验的方式）对reads数进行差异显著性检验。 筛选标准：其一，FoldChange，即两样本中同一个基因表达水平的变化倍数；其二，pValue或qValue（adjusted pValue），qValue值的计算方法先要对每个基因进行 pValue 的计算，再用 FDR 错误控制法对 pValue 作多重假设检验校正。默认筛选差异的条件为 p<0.05 且差异倍数≥2。
参数调整
结果与说明
工具预估运行时间为 {{ run_time }} 秒
程序运行出错，报错信息如下：
请检查数据文件格式后重新提交运行
本次分析未能正常生成结果文件，请核对输入信息或者参考使用说明进行使用！
1. 输入counts文件
counts文件为必填参数，第一列为基因名称，其余各列为各样品中相应counts数目。
demo数据下载1：
counts_anno.xls （附件中注释信息可以保留，不影响差异分析）
demo数据下载2：
counts.xls
2.差异分组文件
差异分组文件为必填参数；必须按照示例样式填写，支持多个差异分组同时分析。
case列：实验组样本，多个样本时请以英文逗号分隔
case_name列：实验组组名
control列：对照组样本，多个样本时请以英文逗号分隔
control_name列：对照组组名
replicate列：如有生物学重复，填写yes，无则no
paired列：如为配对样本，则填yes，非配对为no；注意如果为配对分析，实验组对照组样本顺序必须一一对应且数目相等，最后一列差异分析方法必须用DESeq2
method列：差异分析方法，可以为DESeq或DESeq2
demo数据下载：
diff_DEG_group.xlsx
3. 输入表达值矩阵
第一列为基因名称，其余各列为各样品中相应表达量。
demo数据下载1：fpkm_anno.xls （附件中注释信息可以保留，不影响差异分析）
demo数据下载2：fpkm.xls
1.差异热图
每个差异分组均分别生成一张热图（注：绘制差异热图必须提供表达量文件，结果仅保存为pdf格式，故未显示在网页页面上，可从结果文件中下载获取）。
2.差异统计条形图
多个分组时会同时展示在一张图中。
3.差异火山图
每个差异分组均分别生成一张火山图。
4.差异未筛选文件
如：A-vs-B-all.gene.xls。
5.差异筛选文件
如：A-vs-B-diff-pval-0.05-FC-2.gene.xls。
(1) 请按照使用说明样式整理差异分组文件，多个样品名称以英文逗号分隔；
(2) 输入数据矩阵中不允许存在重复基因，分析过程中程序将删除对应基因数据；
| 版本 | 更新日期 | 更新内容 |
|---|---|---|
| v2.3.0 | 2021.09.15 | 修改文件读取函数；差异分析函数添加组内count均值过滤阈值；run_DESeq2_paired函数列名问题；添加检查样本名称机制；添加检查差异分组文件相关代码。 |
| v2.2.0 | 2021.09.01 | |
| v2.1.1 | 2021.07.28 | 修改日期基因匹配规则 |
| v2.1.0 | 2021.06.25 | 添加字体参数，调整输出数据表头，修改图形样式 |
| v2.0.1 | 2020.12.25 | 支持无表达量文件进行差异分析；图片字体修改；捕获文件格式错误信息并输出中文报错 |
| v1.3.5 | 2020.09.15 | 兼容txt，xls，xlsx，csv等多种文件格式输入 |
| v1.3.4 | 2020.08.15 | 添加差异热图，火山图，条形图，删除样本数量参数 |