文献引用:Bioinformatic analysis was performed using the OECloud tools at https://cloud.oebiotech.com.
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本工具为差异分析,旨在找出不同样本间的差异表达情况。
利用R中的DESeq或DESeq2包对各个样本的counts 数目进行标准化处理(采用BaseMean值来估算表达量),计算差异倍数,并采用NB(负二项分布检验的方式)对reads数进行差异显著性检验。
筛选标准:其一,FoldChange,即两样本中同一个基因表达水平的变化倍数;其二,pValue或qValue(adjusted pValue),qValue值的计算方法先要对每个基因进行 pValue 的计算,再用 FDR 错误控制法对 pValue 作多重假设检验校正。默认筛选差异的条件为 p<0.05 且差异倍数≥2。
任务正在排队中,目前后台任务排队数量:
当前任务开始运行后预计需要耗时
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程序运行出错,报错信息如下:
1. 输入counts文件
counts文件为必填参数,第一列为基因名称,其余各列为各样品中相应counts数目。
demo数据下载1:counts_anno.xls (附件中注释信息可以保留,不影响差异分析)
demo数据下载2:counts.xls
2.差异分组文件
差异分组文件为必填参数;必须按照示例样式填写,支持多个差异分组同时分析。
case列:实验组样本,多个样本时请以英文逗号分隔
case_name列:实验组组名
control列:对照组样本,多个样本时请以英文逗号分隔
control_name列:对照组组名
replicate列:如有生物学重复,填写yes,无则no
paired列:如为配对样本,则填yes,非配对为no;注意如果为配对分析,实验组对照组样本顺序必须一一对应且数目相等,最后一列差异分析方法必须用DESeq2
method列:差异分析方法,可以为DESeq或DESeq2
demo数据下载:diff_DEG_group.xlsx
3. 输入表达值矩阵
第一列为基因名称,其余各列为各样品中相应表达量。
demo数据下载1:fpkm_anno.xls (附件中注释信息可以保留,不影响差异分析)
demo数据下载2:fpkm.xls
1.差异热图
每个差异分组均分别生成一张热图(注:绘制差异热图必须提供表达量文件,结果仅保存为pdf格式,故未显示在网页页面上,可从结果文件中下载获取)。
2.差异统计条形图
多个分组时会同时展示在一张图中。
3.差异火山图
每个差异分组均分别生成一张火山图。
4.差异未筛选文件
如:A-vs-B-all.gene.xls。
5.差异筛选文件
如:A-vs-B-diff-pval-0.05-FC-2.gene.xls。
(1) 请按照使用说明样式整理差异分组文件,多个样品名称以英文逗号分隔;
(2) 输入数据矩阵中不允许存在重复基因,分析过程中程序将删除对应基因数据;
(3) counts文件中必须存在在所有样本中表达量均大于0的基因,不然deseq无法运行。
版本 | 更新日期 | 更新内容 |
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v2.3.0 | 2021.09.15 | 修改文件读取函数;差异分析函数添加组内count均值过滤阈值;run_DESeq2_paired函数列名问题;添加检查样本名称机制;添加检查差异分组文件相关代码。 |
v2.2.0 | 2021.09.01 | |
v2.1.1 | 2021.07.28 | 修改日期基因匹配规则 |
v2.1.0 | 2021.06.25 | 添加字体参数,调整输出数据表头,修改图形样式 |
v2.0.1 | 2020.12.25 | 支持无表达量文件进行差异分析;图片字体修改;捕获文件格式错误信息并输出中文报错 |
v1.3.5 | 2020.09.15 | 兼容txt,xls,xlsx,csv等多种文件格式输入 |
v1.3.4 | 2020.08.15 | 添加差异热图,火山图,条形图,删除样本数量参数 |
v2.3.2 | 2020.07.12 | 修复上传xls的bug |
v2.3.3 | 2020.09.29 | 优化部分bug |
v2.3.5 | 2020.10.26 | 优化部分行名冲突,颜色空白问题 |
v3.0.1 | 2023.03.19 | 差异分析软件更新,结果图样式更新,新增circRNA差异分析,字体相关参数在火山图生效 |