表达量计算

文献引用:Bioinformatic analysis was performed using the OECloud tools at https://cloud.oebiotech.cn.
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表达量计算用于将转录组的counts数据转换成FPKM或者TPM标准化的数据

参数调整

注明:转录组报告文件中的data/counts.xls文件
注:选择物种,非人大小鼠等多种模式物种
转录组标准化数据的方法
提交 重置

结果与说明

工具预估耗时

程序运行出错,报错信息如下:

请检查数据文件格式后重新提交运行

一、使用说明


表达量表的格式如下表所示:





idA1A2A3D1D2D3
A1BG5412882920
A1CF79410179
A2M101303



demo示例:counts.xls



二、数据库说明

据库的选择与对应的物种及版本相关。



物种数据库版本

GCF_000001405.39_GRCh38.p13
小鼠GCF_000001635.27_GRCm39
大鼠GCF_015227675.2_mRatBN7.2
拟南芥
GCF_000001735.4_TAIR10.1
玉米NCBI_v4
粳稻plantbiology_v7
籼稻mbkbase_R498






一、重要说明


计算的表达量矩阵需要与对应的物种一致,否则给出的结果是错误的。