CCA/RDA 分析

文献引用:Bioinformatic analysis was performed using the OECloud tools at https://cloud.oebiotech.cn. -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- RDA/CCA 为基于对应分析发展的一种排序方法,将对应分析与多元回归分析相结合,每一步计算均与环境因子进行回归,又称多元直接梯度分析,主要用来反映菌群与环境因子之间的关系。 RDA 是基于线性模型,CCA 是基于单峰模型。分析可以检测环境因子、样品、菌群三者之间的关系或者两两之间的关系。

参数调整

样本物种丰度文件,第一行为样本名,第一列为物种名,值为绝对丰度,作图文件例如微生物多样性报告result\3.Community_Structure\abundance\relative_abundance\genus.xls
环境因子数据,样本名与物种丰度表一致,为确保您运行成功,请不要使用特殊字符和中文!
样本分组信息文件,第一列为样本分析名,与丰度文件中的样本分析名一致,第二列为分组名,组名请不要只写数字!
数值,一般选择10
数值,一般选择15
字体类型,默认"Arial"
字体样式,默认"无"
坐标轴放大最大值最小值的比例,默认值为1.3
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结果与说明

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结果下载

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  1. 1. 物种相对丰度文件

    物种相对丰度文件,第一行为样本分析名,第一列为物种名,数值为物种在样本中的相对丰度。


taxon_table.png 

    

    demo数据下载:abundance.xls


  1. 2. 环境因子信息文件

    环境因子信息文件,第一行为样本分析名,第一列为环境因子信息名,数值为各样本的检测值。


env_table.png


    demo数据下载:env.xls


  1. 3. 样本分组信息文件

    样本分组信息文件,第一列为样本分析名,第二列为样本的分组名称(注意表头Group大小写问题)。


图片2.png

    

    demo数据下载:mapping.xls







  1. 1. 结果示例图1

    样品和环境因子之间的关系分析图,图中箭头分别代表不同的环境因子。环境因子之间的夹角为锐角时表示两个环境因子之间呈正相关,钝角时呈负相关。样本与环境因子之间的夹角代表物种样本与环境因子间的正、负相关关系(锐角:正相关;钝角:负相关;直角:无相关性),环境因子的射线越长,说明该影响因子对样本的影响程度越大。由不同的样本向各环境因子做垂线,投影点越相近说明样本间该环境因子属性值越相似,即环境因子对样品的影响程度相当。图中不同颜色的点表示不同组别的样品。

 

env_RDA_biplot.png


  1. 2. 结果示例图2

    样品和环境因子以及微生物之间的关系分析图,图中红色箭头分别代表不同的环境因子,蓝色箭头代表不同的微生物。环境因子之间的夹角为锐角时表示两个环境因子之间呈正相关,钝角时呈负相关。物种与环境因子之间的夹角代表物种与环境因子间的正、负相关关系(锐角:正相关;钝角:负相关;直角:无相关性)环境因子的射线越长,说明该影响因子的影响程度越大。由不同的样本向各环境因子做垂线,投影点越相近说明样本间该环境因子属性值越相似,即环境因子对样品的影响程度相当。图中不同颜色的点表示不同组别的样品。

env_RDA_triplot_with_arrow.png

    3.结果示例图3

    DCA分析结果表,如果DCA排序前4个轴的最大值(如图中0.28343)大于3,选择单峰模型(CCA)进行排序分析,如果DCA排序前4个轴的最大值小于等于3,选择线性模型(RDA)进行排序分析。

jieguo.png



    4.结果示例图4

    RDA或者CCA排序分析后,与环境变量分析的pvalue值,值越大其表示的差异就越不显著。

企业微信截图_16460408718393.png














    (1) 样本分组信息文件第一列样本名称,应与物种丰度文件中的样本分析名对应



sample_id.png






版本
更新日期版本信息
v1.1
2020.10.25
更新说明文档
v1.7
2021.03.21
支持xls,txt,csv,xlsx输入
v2.1
2021.03.22
使用基础镜像
v3.62021.06.29debug 下标出界问题,check mapping.txt 与输入文件样本分析名的一致性
v3.72021.07.28修正字体参数
v4.62022.03.12增加点大小和坐标轴放大比例参数,增加输出结果文件





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