GO/KEGG气泡图

文献引用:Bioinformatic analysis was performed using the OECloud tools at https://cloud.oebiotech.cn. -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 本工具为绘制气泡图,用于展示富集分析结果中P值最小的前N个功能或者通路。通过气泡图,可以生动地展示富集分析结果中的各个关键统计量,从而在一张图上呈现更多的信息。 其中Y轴对应功能或者通路,X轴表示特定通路中的差异基因和通路中所有基因的比值,气泡的大小表示该通路中差异基因的多少,气泡颜色由紫-蓝-绿-红变化,其富集 pValue 值越小,显著程度越大。

参数调整

富集分析的输出结果文件
对富集分析结果中的前N行结果进行绘图,默认为前20行。
Y轴上条目的字体大小,若功能或者通路的名称字符较多的时候,可以将字体调小。
Y轴上条目的字体风格设置,可为斜体
y轴上条目的名称长过50,会对50以后的以省略号显示
设置图片title
用于取top时排序的的列名,输入表格必须有该列
选择气泡配色方案,默认为彩虹色。
设置气泡图主标题字体大小,默认为12
设置气泡图x轴标题字体大小,默认为10
设置气泡图图例标题字体大小,默认为10
设置图例内容字体大小(色带除外),默认为9
设置气泡最小直径(参考输入文件中的ListHit值),默认为上传文件中最小ListHit值
设置气泡最大直径(参考输入文件中的ListHit值),默认为上传文件中最大ListHit值
设置气泡图例的标签
y轴在描述后添加TermID
提交 重置

结果与说明

工具预估运行时间为 {{ run_time }}

程序运行出错,报错信息如下:

请检查数据文件格式后重新提交运行

结果下载

本次分析未能正常生成结果文件,请核对输入信息或者参考使用说明进行使用!

  1. 1. 输入数据

    

    输入表格需包含中"Term_description""ListHit""FoldEnrichment""p-value"列。

     若y轴添加TermID为‘’,必须存在"Term_ID"列

图片1.png

   

    demo数据下载:demo_bubble_data.xlsx    注:推荐使用芯片报告中富集结果原文件,或对原文件中GO或KEGG条目进行删减(挑选)后的文件

   

    项目报告中参考表格名称:

    芯片报告:*富集分析/*_GO_enrichment_result.csv  或   *富集分析/*_KEGG_enrichment_result.csv

    转录组报告:GO_enrichment/enrichment-go*.xls 或  KEGG_enrichment/enrichment-kegg*.xls



  1. 1. 气泡图

    示例图中Y轴对应功能或者通路的名称;X轴对应特定通路中差异基因与该通路所包含的所有基因的比值,值越大,说明该通路的差异基因占比越高;气泡图上的点表示差异基因的多少,点越大,特定通路中的差异基因越多。


demo_bubble_data_bubble.png

  

  1. (1) 推荐使用芯片报告中富集结果原文件,或对原文件中GO或KEGG条目进行删减(挑选)后的文件;

  2. (2) 外来数据格式不兼容时,请使用本工具前,按照输入示例文件格式对数据进行修改;

版本更新日期更新内容
v1.12020.10.12取消term id显示
v1.22020.10.27添加斜体,添加使用默认顺序
v1.32021.06.24修改P_value为p-value
v1.42022.01.26新增调整图片字体大小,气泡配色方案,气泡直径等功能
v1.52022.03.01问题修复,画布主题调整。
v1.62022.04.19问题修复,横坐标计算优化。


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