GO/KEGG气泡图

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开发者:stx  |  更新于1 月前  |  浏览量 7409

文献引用:Bioinformatic analysis was performed using the OECloud tools at https://cloud.oebiotech.cn.
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本工具为绘制气泡图,用于展示富集分析结果中P值最小的前N个功能或者通路。通过气泡图,可以生动地展示富集分析结果中的各个关键统计量,从而在一张图上呈现更多的信息。
其中Y轴对应功能或者通路,X轴表示特定通路中的差异基因和通路中所有基因的比值,气泡的大小表示该通路中差异基因的多少,气泡颜色由紫-蓝-绿-红变化,其富集 pValue 值越小,显著程度越大。

参数信息
  1. 富集分析的输出结果文件
  2. 对富集分析结果中的前N行结果进行绘图,默认为前20行。

查看更多非必选参数

  1. Y轴上条目的字体大小,若功能或者通路的名称字符较多的时候,可以将字体调小。
    Y轴上条目的字体风格设置,可为斜体
    y轴上条目的名称长过50,会对50以后的以省略号显示
  2. 设置图片title
  3. 用于取top时排序的的列名,输入表格必须有该列
    y轴在描述后添加TermID
相关数据
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  • 操作视频
    1. 1. 输入数据

        

        输入表格需包含中"Term_description""ListHit""FoldEnrichment""p-value"列。

    图片1.png

        若y轴添加TermID为‘’,必须存在"Term_ID"列


        demo数据下载:demo_bubble_data.xlsx    注:推荐使用芯片报告中富集结果原文件,或对原文件中GO或KEGG条目进行删减(挑选)后的文件

       

        项目报告中参考表格名称:

        芯片报告:*富集分析/*_GO_enrichment_result.csv  或   *富集分析/*_KEGG_enrichment_result.csv

        转录组报告:GO_enrichment/enrichment-go*.xls 或  KEGG_enrichment/enrichment-kegg*.xls



    1. 1. 气泡图

        示例图中Y轴对应功能或者通路的名称;X轴对应特定通路中差异基因与该通路所包含的所有基因的比值,值越大,说明该通路的差异基因占比越高;气泡图上的点表示差异基因的多少,点越大,特定通路中的差异基因越多。


    demo_bubble_data_bubble.png

      

    1. (1) 推荐使用芯片报告中富集结果原文件,或对原文件中GO或KEGG条目进行删减(挑选)后的文件;

    2. (2) 外来数据格式不兼容时,请使用本工具前,按照输入示例文件格式对数据进行修改;

  • 版本更新日期更新内容
    v1.12020.10.12取消term id显示
    v1.22020.10.27添加斜体,添加使用默认顺序
    v1.32021.06.24修改P_value为p-value



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