文献引用:Bioinformatic analysis was performed using the OECloud tools at https://cloud.oebiotech.com.
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本工具为绘制气泡图,用于展示富集分析结果中P值最小的前N个功能或者通路。通过气泡图,可以生动地展示富集分析结果中的各个关键统计量,从而在一张图上呈现更多的信息。
其中Y轴对应功能或者通路,X轴表示特定通路中的差异基因和通路中所有基因的比值,气泡的大小表示该通路中差异基因的多少,气泡颜色由紫-蓝-绿-红变化,其富集 pValue 值越小,显著程度越大。
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程序运行出错,报错信息如下:
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1. 输入数据
输入表格需包含中"Term_description"、"ListHit"、"FoldEnrichment"(或"Enrichment_score")和"p-value"列。
若y轴添加TermID为‘是’,必须存在"Term_ID"列。可添加‘Category’列,对Term进行分类展示(例如:GO中的BP,CC,MF)。可添加‘Group’列, 绘制分组气泡图。
(注意各列名及分类名称的首字母的大小写)
demo数据下载:demo_bubble_data.xlsx
demo数据(带Group与Catergory列)下载:cat_starts_go_multi_group.xlsx
注:若有term名重复,将会按用户选择的列排序后去重。推荐使用芯片报告中富集结果原文件,或对原文件中GO或KEGG条目进行删减(挑选)后的文件。若列名与示例不一致,请修改后提交(如:pValue改为p-value)。
项目报告中参考表格名称:
芯片报告:*富集分析/*_GO_enrichment_result.csv 或 *富集分析/*_KEGG_enrichment_result.csv
转录组报告:GO_enrichment/enrichment-go*.xls 或 KEGG_enrichment/enrichment-kegg*.xls
1. 气泡图
示例图中Y轴对应功能或者通路的名称;X轴对应特定通路中差异基因与该通路所包含的所有基因的比值,值越大,说明该通路的差异基因占比越高;气泡图上的点表示差异基因的多少,点越大,特定通路中的差异基因越多。
若输入文件中添加了Category列:
若输入文件中添加了Group列与Category列:
若输入文件中若输入文件中添加了Group列与Category列,且选择了‘是否绘制分面图’为'是':
(1) 推荐使用芯片报告中富集结果原文件,或对原文件中GO或KEGG条目进行删减(挑选)后的文件;
(2) 外来数据格式不兼容时,请使用本工具前,按照输入示例文件格式对数据进行修改;
版本 | 更新日期 | 更新内容 |
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v1.1 | 2020.10.12 | 取消term id显示 |
v1.2 | 2020.10.27 | 添加斜体,添加使用默认顺序 |
v1.3 | 2021.06.24 | 修改P_value为p-value |
v1.4 | 2022.01.26 | 新增调整图片字体大小,气泡配色方案,气泡直径等功能 |
v1.5 | 2022.03.01 | 问题修复,画布主题调整。 |
v1.6 | 2022.04.19 | 问题修复,横坐标计算优化。 |
v1.2.1 | 2023.02.07 | 新增分组气泡图与分面图 |