基因表达箱线图

文献引用:Bioinformatic analysis was performed using the OECloud tools at https://cloud.oebiotech.cn. -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 基因表达箱线图统计每个样本表达量中的5个值:最小值、第一四分位数(25%)、中位数(50%)、第三四分位数(75%)和最大值,可以粗略地看出数据分布的分散程度等信息。

参数调整

表达量矩阵,如转录组项目报告中5.additional文件夹下fpkm.xls文件
样品分组信息文件,请参考样本分组示例文件(非必须)
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结果与说明

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结果下载

本次分析未能正常生成结果文件,请核对输入信息或者参考使用说明进行使用!

1. 表达量矩阵文件

   第一列为基因/蛋白/代谢物名称,其余各列为各样品中相应表达量。


QQ截图20210506100228.png

   demo数据下载fpkm.xls


2. 样本分组信息文件(非必选)

    第一列为样本分析名称"Sample", 与表达量矩阵列名保持一致,第二列为分组名称"Group"。


QQ截图20210506102901.png


   demo数据下载group.xls


1. 图形输出

    横轴为样本名称,纵轴为 log10(FPKM+1),每个区域的盒形图对应五个统计量(至上而下分别为最大值,第三四分位数,中值,第一四分位数和最小值)


fpkm_boxplot.png



2. 表格输出

    从左到右分别为最小值,第一四分位数,中值,第三四分位数,最大值,标准差和总和。

QQ截图20210324173718.png


1) 除了使用报告中5.additional文件夹下fpkm.xls文件,也可以自行根据5.additional文件夹下counts.xls文件用其他标准化方法(fpm,tpm)生成矩阵表达文件绘制箱线图。

版本更新日期更新内容


v0.012021.3.24基因表达箱线图上线


v0.022021.6.1添加字体类型和字体样式参数


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