基因表达箱线图

开发者:张志康  |  更新于2 周,6 日前  |  浏览量 157

文献引用:Bioinformatic analysis was performed using the OECloud tools at https://cloud.oebiotech.cn.
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基因表达箱线图统计每个样本表达量中的5个值:最小值、第一四分位数(25%)、中位数(50%)、第三四分位数(75%)和最大值,可以粗略地看出数据分布的分散程度等信息。

参数信息
  1. 表达量矩阵,如转录组项目报告中5.additional文件夹下fpkm.xls文件

查看更多非必选参数

  1. 样品分组信息文件,请参考样本分组示例文件(非必须)
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相关数据
  • 使用说明
  • 结果说明
  • 重要提示
  • 版本信息
  • 1. 表达量矩阵文件

       第一列为基因/蛋白/代谢物名称,其余各列为各样品中相应表达量。


    QQ截图20210506100228.png

       demo数据下载fpkm.xls


    2. 样本分组信息文件(非必选)

        第一列为样本分析名称"Sample", 与表达量矩阵列名保持一致,第二列为分组名称"Group"。


    QQ截图20210506102901.png


       demo数据下载group.xls


  • 1. 图形输出

        横轴为样本名称,纵轴为 log10(FPKM+1),每个区域的盒形图对应五个统计量(至上而下分别为最大值,第三四分位数,中值,第一四分位数和最小值)


    fpkm_boxplot.png



    2. 表格输出

        从左到右分别为最小值,第一四分位数,中值,第三四分位数,最大值,标准差和总和。

    QQ截图20210324173718.png


  • 1) 除了使用报告中5.additional文件夹下fpkm.xls文件,也可以自行根据5.additional文件夹下counts.xls文件用其他标准化方法(fpm,tpm)生成矩阵表达文件绘制箱线图。

  • 版本更新日期更新内容


    v0.012021.3.24基因表达箱线图上线


    v0.022021.6.1添加字体类型和字体样式参数