miranda绘图

开发者：孙同心  |  更新于2 周，6 日前  |  浏览量 115

文献引用：Bioinformatic analysis was performed using the OECloud tools at https://cloud.oebiotech.cn.
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基于miranda序列匹配画图：使用miRNA和靶基因序列进行结合位点绘制，更加直观的显示miRNA与靶基因的结合信息。
1、输入的数据格式必须为fasta格式；
2、仅适用于一对一的序列关系；
3、输出图片格式：png

参数信息
  1. miRNA fasta file
  2. target fasta file（lncRNA;circRNA;mRNA）

查看更多非必选参数

  1. miranda预测的energy（小于-10，自由能越小，准确性越高）
  2. miranda预测的Score（大于140，分值越大，准确性越高）
相关数据
  • 使用说明
  • 结果说明
  • 重要提示
  • 版本说明

  • 输入文件1和2皆为fasta格式：*.fa(或*.fasta)

        1、第一行以‘>’开头的序列id，为了进行区分，请保证两个输入文件的id的唯一性；

        2、第二行开始，是碱基序列。

    fasta示例.png

        demo数据下载：circRNA.fa  miRNA.fa


  • 分析结果：

        1、结合位点图片；

        2、"mirna_target_raw.txt"和 "mirna_target_Result.csv"文件

        

    靶标的详细信息和结果文件

    结果图片示例：*.png


    结果图片示例.png


  • 1、请确保输入的序列文件中miRNA和targetRNA（circRNA或lncRNA）有且仅有一个；

    2、确认输入文件格式是否正确（以‘>’开头），具体格式参考使用说明。

  • 版本更新日期
    		更新内容
    v1.02020.11.19

    使用miranda结果文件进行绘图。

    v2.02021.02.22使用fasta序列进行绘图，暂时仅支持进行一对一绘图。
    v3.02021.05.24添加重要提示，完善报错信息