miranda绘图

文献引用:Bioinformatic analysis was performed using the OECloud tools at https://cloud.oebiotech.cn. -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 基于miranda序列匹配画图:使用miRNA和靶基因序列进行结合位点绘制,更加直观的显示miRNA与靶基因的结合信息。 1、输入的数据格式必须为fasta格式; 2、仅适用于一对一的序列关系; 3、输出图片格式:png

参数调整

miRNA fasta file
target fasta file(lncRNA;circRNA;mRNA)
miranda预测的energy(小于-10,自由能越小,准确性越高)
miranda预测的Score(大于140,分值越大,准确性越高)
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结果与说明

工具预估运行时间为 {{ run_time }}

程序运行出错,报错信息如下:

请检查数据文件格式后重新提交运行

结果下载

本次分析未能正常生成结果文件,请核对输入信息或者参考使用说明进行使用!

输入文件1和2皆为fasta格式:*.fa(或*.fasta)

    1、第一行以‘>’开头的序列id,为了进行区分,请保证两个输入文件的id的唯一性;

    2、第二行开始,是碱基序列。

fasta示例.png

    demo数据下载circRNA.fa  miRNA.fa


分析结果:

    1、结合位点图片;

    2、"mirna_target_raw.txt"和 "mirna_target_Result.csv"文件

    

靶标的详细信息和结果文件

结果图片示例:*.png


结果图片示例.png


1、请确保输入的序列文件中miRNA和targetRNA(circRNA或lncRNA)有且仅有一个

2、确认输入文件格式是否正确(以‘>’开头),具体格式参考使用说明。

版本更新日期
更新内容
v1.02020.11.19

使用miranda结果文件进行绘图。

v2.02021.02.22使用fasta序列进行绘图,暂时仅支持进行一对一绘图。
v3.02021.05.24添加重要提示,完善报错信息


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