富集分析

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开发者：stx  |  更新于2 月，2 周前  |  浏览量 11826

文献引用：Bioinformatic analysis was performed using the OECloud tools at https://cloud.oebiotech.cn.
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该工具功能包括GO(Gene Ontology)和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)的富集分析。
GO：
其中Gene Ontology(GO)数据库提供了专业的术语来定义基因产物的属性。它包含三大类：生物学过程（Biological Process，BP）表示一个分子活动事件的过程,包括细胞、组织、器官和物种的功能集合，往往也是和实验研究问题关联程度最高的一类；细胞组分（Cellular Component，CC）表示细胞或其所处的外界环境；分子功能（Molecular Function，MF）是描述在分子水平上基因产物的活性元件。
KEGG:
Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG)是系统分析基因功能，联系基因组信息和功能信息的数据库。
该小工具除了支持人、大鼠和小鼠物种外还支持对含有背景文件的物种进行富集分析。

参数信息
  1. 注：粘贴GeneSymbol或GeneID，GeneSymbol为官方名称，不可以是别称
  2. 注：选择物种,非人大小鼠选择“其他物种”，并在更多参数中上传背景文件

查看更多非必选参数

  1. 注：非人大小鼠物种选择
  2. 注：非人大小鼠物种选择
  3. 注：第一列为基因，第二列为up或down
  4. 注：如使用除KEGG和GO外的数据库，此项为必填项
  5. 注：如使用除KEGG和GO外的数据库，此项为结果报告中使用的数据库名称
相关数据
  • 使用说明
  • 结果说明
  • 重要提示
  • 版本信息
  • 操作视频

    1. 1.使用说明1——人|大鼠|小鼠 富集分析

    2. （1）基因或GeneID

    3.          直接输入基因名称或GeneID,或在excel中复制基因列并粘贴到文本框中。

    4. （2）选择物种

    5.          选择人、小鼠和大鼠

    6. （3）Pathway上色表（非必选）

    7.          该表格用于根据目标基因上下调在Pathway中上色

    8.          第一列为基因或GeneID，第二列为Regulation（‘Up’和‘Down’）

       

    图片1.png


        demo数据下载：demo_data.xls （人）


    1. 2.使用说明2——非人|大鼠|小鼠 富集分析

    1. （1）选择物种：勾选"其他物种"

    2. （2）GO和KEGG背景文件

    3.          第一列为基因名称，第二列为Term名称，第三列为Term描述


    go_background.png


        demo数据下载：gene_go.backgroud.xls（人）


        3.使用说明3——使用非GO和KEGG数据库进行富集分析

            （1）选择物种：勾选"其他物种"

            （2）"是否使用非GO和KEGG数据库进行富集分析" 项：勾选"是"

            （3）富集分析背景文件：格式与GO或KEGG的背景文件一致

            （4）数据库名称：结果文件中使用的名称

  • 图片13.png


    1. 1. GO分析结果

        包含：条形图（示例1），气泡图（示例2）和结果表格（示例3），和网页报告（包含详细说明）。


    target_hsa_GO_BarPlot_Category_TOP10.png

    结果示例图1 GO条形图


    target_hsa_GO_bubble_TOP30.png

    结果示例图2 GO气泡图


    QQ截图20200722102356.png

    结果示例图3 GO分析结果表


    1. 2. KEGG分析结果

        包含：气泡图（示例4）和结果表格（示例5），网页报告（包含详细说明和通路图）


    target_hsa_KEGG_enrichment.png

    结果示例图4 KEGG气泡图


    QQ截图20200722102840.png

    结果示例图5 KEGG分析结果表


    通路图.png

           

    结果示例图6 KEGG通路图


          3.非GO和KEGG数据库富集分析结果

         包含：气泡图和结果表格（同GO和KEGG的一致），网页报告（包含详细说明）



    1. 4. 表头说明

    表头含义
    Term_IDGO数据库或KEGG数据库中对应条目的ID号
    Term_description对应条目的详细描述
    ListHit该GO条目中的差异基因数量
    ListTotal差异基因注释到特定GO分类(BP,CC,MF)中的数量
    PopHit该GO条目中所有的相关基因数量
    PopTotal特定GO分类(BP,CC,MF)中注释到总的基因数量或KEGG数据库中注释到总的基因数量
    GeneRatioListHit/ListTotal的比值
    BgRatioPopHit/PopTotal的比值
    Enrichment_scoreGeneRatio/BgRatio的比值
    GeneIds基因对应的ID列表，以分号分隔不同的基因
    GeneSymbols基因对应的名称列表，以分号分隔不同的基因
    P_value利用超几何分布计算得到的统计学pvalue，值越小，说明差异基因与对应GO的关联程度越高
    FDR_bh利用FDR_bh方法对Pvalue进行校正后的结果
    CategoryGO的分类，Component对应细胞组分(CC),Process对应生物学过程(BP),Function对应分子功能(MF)
    Classification_level1根据功能分级，通常将 KEGG 分为三个层级，此列为level1

       

    1.  (1) 如要查看具体kegg通路图可点击"KEGG_Enrichment"中html文件，在其中点击通路名称即可看到对应的通路图

          （2）若结果文件为空，可能是由于选了物种为人，大鼠和小鼠的同时上传了背景文件；

  • 版本更新时间更新内容
    1.2.92020.09.01 支持其他物种通过传入背景文件进行富集分析
    1.2.102020.10.22添加Regulation可为通路图上色
    1.2.112020.12.23调整基因输入格式
    1.2.122021.07.20添加非GO和KEGG数据库进行富集分析的接口







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