富集分析

文献引用：Bioinformatic analysis was performed using the OECloud tools at https://cloud.oebiotech.cn. -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 该工具功能包括GO(Gene Ontology)和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)的富集分析。 GO： 其中Gene Ontology(GO)数据库提供了专业的术语来定义基因产物的属性。它包含三大类：生物学过程（Biological Process，BP）表示一个分子活动事件的过程,包括细胞、组织、器官和物种的功能集合，往往也是和实验研究问题关联程度最高的一类；细胞组分（Cellular Component，CC）表示细胞或其所处的外界环境；分子功能（Molecular Function，MF）是描述在分子水平上基因产物的活性元件。 KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG)是系统分析基因功能，联系基因组信息和功能信息的数据库。 该小工具除了支持人、大鼠和小鼠物种外还支持对含有背景文件的物种进行富集分析。

参数调整

注：粘贴GeneSymbol或GeneID，GeneSymbol为官方名称，不可以是别称。当除人、大鼠、小鼠之外的其他物种只支持GeneSymbol.
注：下拉选择物种，选项中没有的物种选择“其他物种”，并在更多参数中上传对应的背景文件
注：非人大小鼠等选项没有的其他物种选择
注：非人大小鼠等选项没有的其他物种选择
注：第一列为基因，第二列为up或down
注：如使用除KEGG和GO外的数据库，此项为必填项
注：如使用除KEGG和GO外的数据库，此项为结果报告中使用的数据库名称
注：默认得到的map图是基于p值小于0.1条件下得到的，取值范围是0-1。
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结果与说明

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程序运行出错，报错信息如下：

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 结果下载

本次分析未能正常生成结果文件，请核对输入信息或者参考使用说明进行使用！

  1. 1.使用说明1—— 选择物种（下拉选项中的物种示例）

  2. （1）基因或GeneID

  3.          直接输入基因名称或GeneID,或在excel中复制基因列并粘贴到文本框中。

  4. （2）选择物种

  5.          选择人、小鼠和大鼠

  6. （3）Pathway上色表（非必选）

  7.          该表格用于根据目标基因上下调在Pathway中上色

  8.          第一列为基因或GeneID，第二列为Regulation（‘Up’和‘Down’）

   

图片1.png


    demo数据下载：demo_data.xls （人）


  1. 2.使用说明2——选择物种（其他物种示例）

  1. （1）选择物种：勾选"其他物种"

  2. （2）GO和KEGG背景文件

  3.          第一列为基因名称，第二列为Term名称，第三列为Term描述


go_background.png


    demo数据下载：gene_go.backgroud.xls（人）


    3.使用说明3——使用非GO和KEGG数据库进行富集分析

        （1）选择物种：勾选"其他物种"

        （2）"是否使用非GO和KEGG数据库进行富集分析" 项：勾选"是"

        （3）富集分析背景文件：格式与GO或KEGG的背景文件一致

        （4）数据库名称：结果文件中使用的名称

图片13.png


  1. 1. GO分析结果

    包含：条形图（示例1），气泡图（示例2）和结果表格（示例3），和网页报告（包含详细说明）。


target_hsa_GO_BarPlot_Category_TOP10.png

结果示例图1 GO条形图


target_hsa_GO_bubble_TOP30.png

结果示例图2 GO气泡图


QQ截图20200722102356.png

结果示例图3 GO分析结果表


  1. 2. KEGG分析结果

    包含：气泡图（示例4）和结果表格（示例5），网页报告（包含详细说明和通路图）


target_hsa_KEGG_enrichment.png

结果示例图4 KEGG气泡图


QQ截图20200722102840.png

结果示例图5 KEGG分析结果表


通路图.png

       

结果示例图6 KEGG通路图


      3.非GO和KEGG数据库富集分析结果

     包含：气泡图和结果表格（同GO和KEGG的一致），网页报告（包含详细说明）



  1. 4. 表头说明

表头含义
Term_IDGO数据库或KEGG数据库中对应条目的ID号
Term_description对应条目的详细描述
ListHit该GO条目中的差异基因数量
ListTotal差异基因注释到特定GO分类(BP,CC,MF)中的数量
PopHit该GO条目中所有的相关基因数量
PopTotal特定GO分类(BP,CC,MF)中注释到总的基因数量或KEGG数据库中注释到总的基因数量
GeneRatioListHit/ListTotal的比值
BgRatioPopHit/PopTotal的比值
Enrichment_scoreGeneRatio/BgRatio的比值
GeneIds基因对应的ID列表，以分号分隔不同的基因
GeneSymbols基因对应的名称列表，以分号分隔不同的基因
P_value利用超几何分布计算得到的统计学pvalue，值越小，说明差异基因与对应GO的关联程度越高
FDR_bh利用FDR_bh方法对Pvalue进行校正后的结果
CategoryGO的分类，Component对应细胞组分(CC),Process对应生物学过程(BP),Function对应分子功能(MF)
Classification_level1根据功能分级，通常将 KEGG 分为三个层级，此列为level1

   

  1.  (1) 如要查看具体kegg通路图可点击"KEGG_Enrichment"中html文件，在其中点击通路名称即可看到对应的通路图。这里得到的map图默认是基于p值小于0.1条件下所得。

  2. （2）若结果文件为空，可能是由于选了物种为人，大鼠和小鼠的同时上传了背景文件。

  3. （3）如果在选择物种中有选择的物种，但想做与平台参考数据库不同的分析，可以自行上传背景文件，参与分析。
版本更新时间更新内容
1.2.92020.09.01 支持其他物种通过传入背景文件进行富集分析
1.2.102020.10.22添加Regulation可为通路图上色
1.2.112020.12.23调整基因输入格式
1.2.122021.07.20添加非GO和KEGG数据库进行富集分析的接口
1.2.132022.2.14支持除人、大小鼠之外15种模式物种进行富集分析
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