文献引用:Bioinformatic analysis was performed using the OECloud tools at https://cloud.oebiotech.cn. -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 该工具功能包括GO(Gene Ontology)和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)的富集分析。 GO: 其中Gene Ontology(GO)数据库提供了专业的术语来定义基因产物的属性。它包含三大类:生物学过程(Biological Process,BP)表示一个分子活动事件的过程,包括细胞、组织、器官和物种的功能集合,往往也是和实验研究问题关联程度最高的一类;细胞组分(Cellular Component,CC)表示细胞或其所处的外界环境;分子功能(Molecular Function,MF)是描述在分子水平上基因产物的活性元件。 KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG)是系统分析基因功能,联系基因组信息和功能信息的数据库。 该小工具除了支持人、大鼠和小鼠物种外还支持对含有背景文件的物种进行富集分析。
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程序运行出错,报错信息如下:
请检查数据文件格式后重新提交运行
本次分析未能正常生成结果文件,请核对输入信息或者参考使用说明进行使用!
1.使用说明1—— 选择物种(下拉选项中的物种示例)
(1)基因或GeneID
直接输入基因名称或GeneID,或在excel中复制基因列并粘贴到文本框中。
(2)选择物种
选择人、小鼠和大鼠
(3)Pathway上色表(非必选)
该表格用于根据目标基因上下调在Pathway中上色
第一列为基因或GeneID,第二列为Regulation(‘Up’和‘Down’)
demo数据下载:demo_data.xls (人)
2.使用说明2——选择物种(其他物种示例)
(1)选择物种:勾选"其他物种"
(2)GO和KEGG背景文件
第一列为基因名称,第二列为Term名称,第三列为Term描述
demo数据下载:gene_go.backgroud.xls(人)
3.使用说明3——使用非GO和KEGG数据库进行富集分析
(1)选择物种:勾选"其他物种"
(2)"是否使用非GO和KEGG数据库进行富集分析" 项:勾选"是"
(3)富集分析背景文件:格式与GO或KEGG的背景文件一致
(4)数据库名称:结果文件中使用的名称
1. GO分析结果
包含:条形图(示例1),气泡图(示例2)和结果表格(示例3),和网页报告(包含详细说明)。
结果示例图1 GO条形图
结果示例图2 GO气泡图
结果示例图3 GO分析结果表
2. KEGG分析结果
包含:气泡图(示例4)和结果表格(示例5),网页报告(包含详细说明和通路图)
结果示例图4 KEGG气泡图
结果示例图5 KEGG分析结果表
结果示例图6 KEGG通路图
3.非GO和KEGG数据库富集分析结果
包含:气泡图和结果表格(同GO和KEGG的一致),网页报告(包含详细说明)
4. 表头说明
表头 | 含义 |
Term_ID | GO数据库或KEGG数据库中对应条目的ID号 |
Term_description | 对应条目的详细描述 |
ListHit | 该GO条目中的差异基因数量 |
ListTotal | 差异基因注释到特定GO分类(BP,CC,MF)中的数量 |
PopHit | 该GO条目中所有的相关基因数量 |
PopTotal | 特定GO分类(BP,CC,MF)中注释到总的基因数量或KEGG数据库中注释到总的基因数量 |
GeneRatio | ListHit/ListTotal的比值 |
BgRatio | PopHit/PopTotal的比值 |
Enrichment_score | GeneRatio/BgRatio的比值 |
GeneIds | 基因对应的ID列表,以分号分隔不同的基因 |
GeneSymbols | 基因对应的名称列表,以分号分隔不同的基因 |
P_value | 利用超几何分布计算得到的统计学pvalue,值越小,说明差异基因与对应GO的关联程度越高 |
FDR_bh | 利用FDR_bh方法对Pvalue进行校正后的结果 |
Category | GO的分类,Component对应细胞组分(CC),Process对应生物学过程(BP),Function对应分子功能(MF) |
Classification_level1 | 根据功能分级,通常将 KEGG 分为三个层级,此列为level1 |
(1) 如要查看具体kegg通路图可点击"KEGG_Enrichment"中html文件,在其中点击通路名称即可看到对应的通路图。这里得到的map图默认是基于p值小于0.1条件下所得。
(2)若结果文件为空,可能是由于选了物种为人,大鼠和小鼠的同时上传了背景文件。
(3)如果在选择物种中有选择的物种,但想做与平台参考数据库不同的分析,可以自行上传背景文件,参与分析。
版本 | 更新时间 | 更新内容 |
---|---|---|
1.2.9 | 2020.09.01 | 支持其他物种通过传入背景文件进行富集分析 |
1.2.10 | 2020.10.22 | 添加Regulation可为通路图上色 |
1.2.11 | 2020.12.23 | 调整基因输入格式 |
1.2.12 | 2021.07.20 | 添加非GO和KEGG数据库进行富集分析的接口 |
1.2.13 | 2022.2.14 | 支持除人、大小鼠之外15种模式物种进行富集分析 |