文献引用:Bioinformatic analysis was performed using the OECloud tools at https://cloud.oebiotech.com.
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Agilent芯片差异分析:对标准化数据进行差异分析。
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请勿重复提交任务!程序正在运行中,预计需要耗时
程序运行出错,报错信息如下:
注:1. 目前仅支持对Agilent芯片的分析
2. 目前不支持外来数据的分析
1.标准化数据表格
选择芯片报告中"1_数据QC及预处理/alldata.csv"。
标准化数据表格示例图
demo数据下载:demo_alldata.xlsx
2.样品分组表格
第一列为样本名,第二列为样品分组(注意列名的首字母大写)。
【注:输入的表头名需保持和下图相同】
样品分组表格示例图
demo数据下载:demo_group.xlsx
3.差异分组表格
根据样品分组表格中的分组名称,填入差异比较表格中。
compid列:比较组名称
case列:实验组组名
control列:对照组名称
【注:输入的表头名需保持和下图相同,anno列留空】
差异分组表格示例图
demo数据下载:demo_comp.xlsx
1. 分析结果包括:
(1)差异分析结果表格(lncRNA芯片分为circRNA,mRNA,ncRNA三个表格)
"comp1_Case_vs._Control_FC2.0P0.05.csv"
(2)火山图(有生物学重复)
"comp1_Case_vs._Control_FC2.0P0.05_volcanoplot.p*"
(3)散点图
"comp1_Case_vs._Control_FC2.0P0.05_scatterplot.p*"
(4)聚类图
"comp1_Case_vs._Control_FC2.0P0.05_cluster.p*"
(5)差异未筛选总表格
"差异未筛选.csv.gz"
(1) 本工具仅支持Agilent芯片的分析,可修改差异分析阈值、调整分组分析等;
(2) 标准化数据表格请使用欧易出具的芯片报告中"1_数据QC及预处理/alldata.csv",无需进行修改;
(3) 样品分组表格和差异分组表格中表头无需修改;
版本 | 更新日期 | 更新内容 |
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v1.1 | 2020.10.25 | 更新说明文档 |