微生物ROC曲线

文献引用:Bioinformatic analysis was performed using the OECloud tools at https://cloud.oebiotech.cn. -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 本工具为绘制ROC曲线。 根据特征数据丰度,如差异物种或生物标记物等,利用10折交叉验证,对每一折划分训练集及验证集,先对训练集构建随机森林模型,再用此模型预测验证集,构建ROC曲线,最后对10折进行平均处理得最终ROC曲线。

参数调整

物种丰度表,样品数需100以上。第一列为特征物种,表头为样品信息,其余为丰度信息。作图文件例如微生物多样性报告result\3.Community_Structure\abundance\relative_abundance\genus.xls
样品对应分组信息表,组数必须为2。第一列为样品名,第二列为样品对应的分组信息。
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结果与说明

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  1. 1. 物种丰度表文件

    第一列为特征物种,表头为样品信息,其余为丰度信息。

    支持xls,xlsx,txt,csv格式输入。


genus1.png


    demo数据下载:genus.xls


  1. 2. 样本对应分组表文件

    样品对应分组信息表,组数必须为2。第一列为样品名,第二列为样品对应的分组信息。

    支持xls,xlsx,txt,csv格式输入。


mapping.png


    demo数据下载:mapping.xls





  1. 1. ROC曲线结果示意图

    给予特征数据丰度,基于随机森林模型,利用10折交叉验证构建ROC曲线。ROC曲线横坐标为假阳性率,纵坐标为真阳性率,蓝色曲线为10折后取的平均曲线,AUC为曲线下面积,阴影部分为上下1个标准差。


ROC.png


  1. (1) 样品对应分组信息表,组数必须为2

  2. (2) 每组最少需50个样本

版本
更新日期更新内容
v1.1
2020.10.25
更新说明文档
v2.42021.04.02输入文件格式支持xls,xlsx,txt,csv






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