微生物ROC曲线

开发者:zjming  |  更新于1 月前  |  浏览量 182

根据特征数据丰度,如差异物种或生物标记物等,利用10折交叉验证,对每一折划分训练集及验证集,先对训练集构建随机森林模型,再用此模型预测验证集,构建ROC曲线,最后对10折进行平均处理得最终ROC曲线。

参数信息
  1. 物种丰度表,样品数需100以上。第一列为特征物种,表头为样品信息,其余为丰度信息。
  2. 样品对应分组信息表,组数必须为2。第一列为样品名,第二列为样品对应的分组信息。
相关数据
  • 使用说明
  • 结果说明
  • 版本信息
  • 1. 丰度表示例文件

        物种丰度表,第一列为特征物种,表头为样品信息,其余为丰度信息。

    丰度表.png

        示例文件:genus.xls


    2. 样本对应分组表示例文件

        样品对应分组信息表,组数必须为2。第一列为样品名,第二列为样品对应的分组信息。

    分组对照表.png

        示例文件:mapping.txt


  • 1. ROC曲线结果示意图

        给予特征数据丰度,基于随机森林模型,利用10折交叉验证构建ROC曲线。ROC曲线横坐标为假阳性率,纵坐标为真阳性率,蓝色曲线为10折后取的平均曲线,AUC为曲线下面积,阴影部分为上下1个标准差。

    ROC.png

  • 版本
    更新日期
    更新内容
    v1.1
    2020.10.25
    更新说明文档