GO富集条形图

开发者:fmt  |  更新于1 周前  |  浏览量 922

Gene Ontology(GO) 数据库提供了专业的术语来定义基因产物的属性。它包含三大类:生物学过程(Biological Process, BP)表示一个分子活动事件的过程,包括细胞、组织、器官和物种的功能集合,往往也是和实验研究问题关联程度最高的一类;细胞组分( Cellular Component, CC)表示细胞或其所处的外界环境;分子功能(Molecular Function, MF)是描述在分子水平上基因产物的活性元件。

默认情况:
1. 筛选三种分类中对应差异基因数目大于等于 3 的 GO 条目,按照每个条目对应的 -log10pValue 由大到小排序的各 N 条,可对富集结果进行筛选;
2. 可选择对字符串(70个字符)进行截取。

参数信息
  1. GO富集结果文件,如 enrichment-go-A-vs-B.xls
    默认使用 pValue 绘图,可选 ListHits

查看更多非必选参数

  1. 展示各分类的top条目数,可修改
  2. 按差异基因数目(大于等于 ListHits)筛选 GO 条目,可修改
  3. 按 pValue 筛选 GO 条目,如 (小于等于) 0.05
  4. 图片高度,可调整 (默认 10)
  5. 图片宽度,可调整 (默认 18)
    选择对字符串进行截取,保留前70个字符
    字体类型,默认"Arial"
    字体样式,默认"无"
相关数据
  • 使用说明
  • 结果说明
  • 版本说明
  • 1. 输入矩阵文件(必选)

        示例为OE常规转录组分析中GO富集结果,列信息需包含 "ListHits,Term,Category,pValue" ,外来数据请先调整数据格式。

    topGO.png

        示例表达矩阵文件下载:enrichment-go-D-vs-C-Total.xls


  • 1. 图形输出

        示例为OE常规转录组分析中GO富集条形图,筛选三种分类中对应差异基因数目大于等于 3 的 GO 条目,按照每个条目对应的 -log10pValue 由大到小排序的各 10 条进行条形图展示。

    GO.top.oebiotech.png

        示例为自定义GO富集条形图,筛选三种分类中对应差异基因数目大于等于 5 的 GO 条目,按照每个条目对应的 ListHits 由大到小排序的各 10 条进行条形图展示,可对富集结果进行筛选。

    GO.top.10.png


  • 版本
    更新日期更新内容
    v1.42020.06.10修复输入格式问题
    v1.9.12020.10.25添加画布长宽参数
    v2.1.22020.11.04修改默认输出图片格式;添加长字符截取参数
    v2.1.32020.11.13针对目前所遇到的文件格式错误制定报错机制
    v2.1.42020.12.11添加字体参数, 判断编码方式
    v2.1.5
    2020.12.26
    判断编码方式优化, 空数据矩阵检查, "Term"列重复信息检查