GO富集条形图

文献引用：Bioinformatic analysis was performed using the OECloud tools at https://cloud.oebiotech.com.
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本工具为绘制GO富集条形图。
Gene Ontology(GO) 数据库提供了专业的术语来定义基因产物的属性。它包含三大类：生物学过程（Biological Process, BP）表示一个分子活动事件的过程，包括细胞、组织、器官和物种的功能集合，往往也是和实验研究问题关联程度最高的一类；细胞组分（Cellular Component, CC）表示细胞或其所处的外界环境；分子功能（Molecular Function, MF）是描述在分子水平上基因产物的活性元件。

参数调整

GO富集结果文件，如 enrichment-go-A-vs-B.xls
默认使用 p-value 绘图，可选 ListHits
对结果进行命名用于区分不同的任务，默认为当前工具名称_当前日期时间
基因上下调关系文件，如 A-vs-B-diff-gene.xls
按差异基因数目（大于等于 ListHits）筛选 GO 条目，可修改
按 p-value 筛选 GO 条目，如 (小于等于) 0.05
展示各分类的top条目数，可修改
若选择输入绘图通路，只绘制图上通路，top参数及阈值参数均失效
图片高度，可调整 (默认 11)
图片宽度，可调整 (默认 9)
选择对通路名进行字符串截取，新版保留前45个字符，旧版保留前70个字符
通路基因上下调关系图中x轴刻度的角度，默认为60度。注意：角度过小可能使较长的通路名称超出画布
字体类型，默认“Verdana”
字体样式，默认“无”
默认生成最新版本样式图片，如需旧版本请在下拉框中进行选择。注意：旧版图片长宽不支持调节
当且仅当上传文件为报告所出原文件时建议选择”是“
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结果与说明

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程序运行出错，报错信息如下：

玩转攻略可点击公众号推文:欧易探云指南|GO富集条形图


1. 输入GO富集结果文件

    示例为OE常规转录组分析中GO富集结果，列信息需包含 "Term,Category,ListHits,p-value"。

    ListHits列：该GO条目中差异基因数

    Term列：该条目的描述

    Category列：GO分类，格式为"molecular_function","cellular_component","biological_process"

    p-value列：P值

   

    如需绘制差异基因上下调关系图，列信息中还需包含 "Gene"。

    Gene列：该GO条目中的差异基因，用分号分隔


    （注意列名的首字母大小写）

GO富集结果图片.png

demo数据下载：enrichment-go-A-vs-B.xls


2. 输入基因上下调关系文件

    示例为OE常规转录组分析中差异表达结果，列信息需包含 "gene_id,Regulation"。

    gene_id列：转录组分析的基因

    Regulation列：基因的差异上下调关系

    （注意列名的首字母大小写）

基因上下调关系图片.png

demo数据下载：A-vs-B-diff-gene.xls

1. GO富集条形图

    示例为OE常规转录组分析中GO富集条形图，筛选三种分类中对应差异基因数目大于等于 3 的 GO 条目，按照每个条目对应的 -log10p-value 由大到小排序的各 10 条进行条形图展示。


GO.top(p).png


    示例为自定义GO富集条形图，筛选三种分类中对应差异基因数目大于等于 5 的 GO 条目，按照每个条目对应的 ListHits 由大到小排序的各 10 条进行条形图展示，可对富集结果进行筛选。

GO.top(l).png

2. 通路基因上下调关系图

    示例为GO富集条形图中对应通路中差异基因的上下调关系图。

GO.top.Gene.Sum.png

  1. (1) 报告中条目名称默认截取其前45个字符（旧版前70个字符），如条目字符过长可选择截取；

  2. (2) 请使用本工具前，按照输入示例文件格式对数据整理；

  3. (3) 若仅基因上下调关系文件存在数据、格式问题，或是GO条形图中的基因在基因上下调关系文件中完全没有对应，在不影响GO富集条形图生成情况下将不生成基因上下调关系图；
版本更新日期更新内容
v1.42020.06.10修复输入格式问题

2020.10.30修改默认输出图片格式

2020.11.03添加长字符截取参数

2020.11.11修改数据处理函数

2020.12.11添加字体参数
v1.162020.12.26判断编码方式优化, 空数据矩阵检查

2021.01.21检查筛选结果矩阵是否为空

2021.02.01画布高宽限制
v1.282021.06.17修改工具样式及表头
v1.342022.09.19修改生成图片样式，保留旧样式可选
v1.39
2022.11.03添加差异表达上下调基因数图片，报错优化
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