GO富集条形图

开发者:范美婷, 张志康  |  更新于2 日,10 小时前  |  浏览量 2177

文献引用:Bioinformatic analysis was performed using the OECloud tools at https://cloud.oebiotech.cn.
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本工具为绘制GO富集条形图。
Gene Ontology(GO) 数据库提供了专业的术语来定义基因产物的属性。它包含三大类:生物学过程(Biological Process, BP)表示一个分子活动事件的过程,包括细胞、组织、器官和物种的功能集合,往往也是和实验研究问题关联程度最高的一类;细胞组分( Cellular Component, CC)表示细胞或其所处的外界环境;分子功能(Molecular Function, MF)是描述在分子水平上基因产物的活性元件。

参数信息
  1. GO富集结果文件,如 enrichment-go-A-vs-B.xls
    默认使用 p-value 绘图,可选 ListHits

查看更多非必选参数

  1. 展示各分类的top条目数,可修改
  2. 按差异基因数目(大于等于 ListHits)筛选 GO 条目,可修改
  3. 按 p-value 筛选 GO 条目,如 (小于等于) 0.05
  4. 图片高度,可调整 (默认 10)
  5. 图片宽度,可调整 (默认 18)
    选择对字符串进行截取,保留前70个字符
    字体类型,默认"Arial"
    字体样式,默认"无"
相关数据
  • 使用说明
  • 结果说明
  • 重要提示
  • 版本说明
  • 1. 输入矩阵文件

        示例为OE常规转录组分析中GO富集结果,列信息需包含 "ListHits,Term,Category,p-value"。

        ListHits列:该GO条目中差异基因数

        Term列:该条目的描述

        Category列:GO分类,格式为"molecular_function","cellular_component","biological_process"

        p-value列:P值


    topGO.png


        demo数据下载enrichment-go-D-vs-C-Total.xls



    1. 1. 图形输出

        示例为OE常规转录组分析中GO富集条形图,筛选三种分类中对应差异基因数目大于等于 3 的 GO 条目,按照每个条目对应的 -log10p-value 由大到小排序的各 10 条进行条形图展示。


    GO.top.png


        示例为自定义GO富集条形图,筛选三种分类中对应差异基因数目大于等于 5 的 GO 条目,按照每个条目对应的 ListHits 由大到小排序的各 10 条进行条形图展示,可对富集结果进行筛选。


    GO.top.10.png



    1. (1) 若条目名称字符太长,可选择对字符串(70个字符)进行截取

    2. (2) 请使用本工具前,按照输入示例文件格式对数据整理;


  • 版本更新日期更新内容
    v1.42020.06.10修复输入格式问题
    v1.9.12020.10.25添加画布长宽参数
    v2.1.22020.11.04修改默认输出图片格式;添加长字符截取参数
    v2.1.32020.11.13针对目前所遇到的文件格式错误制定报错机制
    v2.1.42020.12.11添加字体参数, 判断编码方式
    v2.1.5
    2020.12.26
    判断编码方式优化, 空数据矩阵检查, "Term"列重复信息检查
    v2.3.02021.01.22报错日志oeweb_task.log;检查筛选结果矩阵是否为空
    v2.3.02021.02.01画布高宽限制为正数
    V1.01
    2021.03.07重构
    V1.032021.06.20调整输入数据表头,修改图形样式