文献引用:Bioinformatic analysis was performed using the OECloud tools at https://cloud.oebiotech.com.
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本工具为绘制GO富集条形图。
Gene Ontology(GO) 数据库提供了专业的术语来定义基因产物的属性。它包含三大类:生物学过程(Biological Process, BP)表示一个分子活动事件的过程,包括细胞、组织、器官和物种的功能集合,往往也是和实验研究问题关联程度最高的一类;细胞组分(Cellular Component, CC)表示细胞或其所处的外界环境;分子功能(Molecular Function, MF)是描述在分子水平上基因产物的活性元件。
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程序运行出错,报错信息如下:
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1. 输入GO富集结果文件
示例为OE常规转录组分析中GO富集结果,列信息需包含 "Term,Category,ListHits,p-value"。
ListHits列:该GO条目中差异基因数
Term列:该条目的描述
Category列:GO分类,格式为"molecular_function","cellular_component","biological_process"
p-value列:P值
如需绘制差异基因上下调关系图,列信息中还需包含 "Gene"。
Gene列:该GO条目中的差异基因,用分号分隔
(注意列名的首字母大小写)
demo数据下载:enrichment-go-A-vs-B.xls
2. 输入基因上下调关系文件
示例为OE常规转录组分析中差异表达结果,列信息需包含 "gene_id,Regulation"。
gene_id列:转录组分析的基因
Regulation列:基因的差异上下调关系
(注意列名的首字母大小写)
demo数据下载:A-vs-B-diff-gene.xls
1. GO富集条形图
示例为OE常规转录组分析中GO富集条形图,筛选三种分类中对应差异基因数目大于等于 3 的 GO 条目,按照每个条目对应的 -log10p-value 由大到小排序的各 10 条进行条形图展示。
示例为自定义GO富集条形图,筛选三种分类中对应差异基因数目大于等于 5 的 GO 条目,按照每个条目对应的 ListHits 由大到小排序的各 10 条进行条形图展示,可对富集结果进行筛选。
2. 通路基因上下调关系图
示例为GO富集条形图中对应通路中差异基因的上下调关系图。
(1) 报告中条目名称默认截取其前45个字符(旧版前70个字符),如条目字符过长可选择截取;
(2) 请使用本工具前,按照输入示例文件格式对数据整理;
(3) 若仅基因上下调关系文件存在数据、格式问题,或是GO条形图中的基因在基因上下调关系文件中完全没有对应,在不影响GO富集条形图生成情况下将不生成基因上下调关系图;
版本 | 更新日期 | 更新内容 |
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v1.4 | 2020.06.10 | 修复输入格式问题 |
2020.10.30 | 修改默认输出图片格式 | |
2020.11.03 | 添加长字符截取参数 | |
2020.11.11 | 修改数据处理函数 | |
2020.12.11 | 添加字体参数 | |
v1.16 | 2020.12.26 | 判断编码方式优化, 空数据矩阵检查 |
2021.01.21 | 检查筛选结果矩阵是否为空 | |
2021.02.01 | 画布高宽限制 | |
v1.28 | 2021.06.17 | 修改工具样式及表头 |
v1.34 | 2022.09.19 | 修改生成图片样式,保留旧样式可选 |
v1.39 | 2022.11.03 | 添加差异表达上下调基因数图片,报错优化 |