GO双饼环图

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开发者：cty  |  更新于3 月，2 周前  |  浏览量 181

文献引用：Bioinformatic analysis was performed using the OECloud tools at https://cloud.oebiotech.cn.
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本工具为绘制双饼环图，可以分别展示蛋白和基因层面在不同GO分类中的占比，了解生物学过程（BP）、细胞组成（CC）和分子功能（MF）三大功能中转录和蛋白所占条目比例。

参数信息
  1. 转录组中所有基因和差异表达基因GOlevel2条目统计 (ALL_vs_DEG.GO.level2.stat.mRNA.xls)
  2. 蛋白组中所有蛋白和差异表达蛋白GOlevel2条目统计 (ALL_vs_DEG.GO.level2.stat.protein.xls)

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    1. 1. 转录/蛋白输入文件

        第一列(#GO_classify1)：GO分类的第一层级（包括biological process，cellular component，molecular function），每一层级的条目不得少于2个。

        第二列(#GO_classify2)：所属第一层级的GO条目。

        第三列(Unigene) ：检测基因的数目（或占比）。

        第四列(diff-Total) ：差异基因总数（或占比）。

        第五列(Unigene) ：检测基因的具体名称（若第三列数目为0，则该列用--表示）。

        第六列Gene(diff-Total) ：检测基因的具体名称（若第三列数目为0，则该列用--表示）。



    pie.png


        demo数据下载：ALL_vs_DEG.GO.level2.stat.mRNA.xls

        demo数据下载：ALL_vs_DEG.GO.level2.stat.protein.xls



    1. 1. GO双饼环图示例结果

        图中不同颜色为Biological Process层级 各个GO 条目的占比，其中，外环为mRNA的分布，内环为蛋白的分布。


    biological_process.png


        图中不同颜色为Cellular Component层级 各个GO 条目的占比，其中，外环为mRNA的分布，内环为蛋白的分布。


    cellular_component.png


        图中不同颜色为Molecular Function层级 各个GO 条目的占比，其中，外环为mRNA的分布，内环为蛋白的分布。


    molecular_function.png


    1. (1) 外来数据格式不兼容时，请使用本工具前，按照输入示例文件格式对数据进行修改；

  • 版本
    		更新日期更新内容
    v1.0
    		2020.10.25
    		更新说明文档
    v1.12021.06.20解决输入文件读取问题,增加字体、字型参数






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